Większość rolników planuję zakup i zużycie ś.o.r. na bieżąco. Nie mniej jednak niekorzystne warunki pogodowe w sezonie czasem uniemożliwiają wykorzystanie ich w planowanym wcześniej terminie. W  wielu gospodarstwach pozostają pestycydy, które będzie można wykorzystać dopiero w kolejnym roku. Istnieje wówczas potrzeba odpowiedniego ich przechowywania i zabezpieczenia przed mrozem.

Nieodpowiednio przechowywane preparaty chemiczne mogą zwyczajnie się zepsuć i powodować niekorzystne efekty. Po pierwsze tracą swoje właściwości i nie zwalczają agrofagów, po drugie może zmienić się ich konsystencja, mogą się rozwarstwić, co później utrudnia sporządzenie cieczy użytkowej, mogą zatykać rozpylacze. Mogą nawet wykazywać właściwości fitotoksyczne.

Ogólne warunki przechowywania ś.o.r. ustalają zasady cross compliance i obowiązują, każdego rolnika. Wszystkie pestycydy w swojej etykiecie mają wyznaczone warunki  prawidłowego przechowywania. Do nich należy się dostosować.

W trakcie całorocznego magazynowania pestycydów należy pamiętać o tym, aby magazyn środków ochrony roślin był właściwie oznakowany, zamykany na klucz i dostępny tylko dla upoważnionych osób. Na magazyn należy wybrać takie pomieszczenie, w którym nie  przechowuję się żywności ani pasz dla zwierząt. Gdy jest ich nie dużo, może to być zwyczajna metalowa szafka oznakowana i zamykana, postawiona na stabilnym dnie, najlepiej betonowej wylewce. Preparaty chemiczne należy przechowywać wyłącznie w oryginalnym opakowaniu. Nie przelewać ich do opakowań zastępczych, gdyż pamięć jest ulotna. Ważne aby pojemniki były szczelnie zamknięte i zabezpieczone przed wilgocią. W zimie najlepiej by pomieszczenie, w którym są składowane ś.o.r. było ogrzewane, z temperaturą powyżej 0ᵒC. Nie należy jednak przesadzać i nie przechowywawać ich blisko źródeł ciepła.

Po zimie warto sprawdzić jakość przechowywanych pestycydów i zwrócić uwagę na ich termin ważności. Można np. rozrobić próbkę cieczy użytkowej w szklanym słoiku, odstawić na kilka godzin i sprawdzić czy nie wytworzył się np. osad. Niektórzy rolnicy opryskują cieczą użytkową fragment pola lub nieużytku i po kilku dniach sprawdzają jak zadziałały.