Zboża jare w początkowych fazach rozwojowych mogą być porażone licznymi patogenami.
Zaprawianie ziarna – jeden z podstawowych zabiegów agrotechnicznych, istotnie ogranicza występowanie chorób przenoszonych z materiałem siewnym. Nie zaprawiony materiał siewny może być przyczyną takich chorób jak: plamistość siatkowa jęczmienia, głownia zwarta jęczmienia oraz głowni pylącej jęczmienia.

W okresie wschodów na roślinach jęczmienia może wystąpić zgorzel siewek (choroba odglebowa) wywołana grzybami z rodzaju Fusarium. Pojawiające się kiełki są zniekształcone, poskręcane, przy silnej infekcji zaczynają obumierać. Przy wschodach roślin pierwszy liść siewek jest skarłowaciały i powykręcany. Korzenie ciemnieją, a porażone rośliny żółkną, zasychają i obumierają.

Chorobą której objawy obserwowane są w fazie strzelania w źdźbło jest plamistość siatkowa jęczmienia. Patogenem wywołującym tę choroby jest Helminthosposium teres. Jej objawy mogą pojawiać się przez cały okres wegetacji, przyczyniając się do dużych strat w plonie. Na pierwszych liściach można zaobserwować szarozielone następnie brunatne nekrozy, które w późniejszych okresach przekształcają się w podłużne brunatne nekrozy. Choroba może być ograniczona przez zaprawianie materiału siewnego, zaprawami mającymi w swoim składzie jako substancję czynną epoksykonazol.

W fazie kłoszenia może pojawić się głownia zwarta jęczmienia oraz głownia pyląca jęczmienia. Objawy obu tych chorób są bardzo podobne.

Sprawcą głowni zwartej jęczmienia jest grzyb Ustilago hordei. Jego obecność wykrywamy bardzo późno, bo dopiero w fazie kłoszenia się zboża. Kłosy pozostają w pochwach liściowych lub wydostają się tylko częściowo. Kłoski pokryte są srebrzystą osłonką pod którą można zaobserwować skupiska zarodników (teliospor). Straty w plonie wywołane przez tę chorobę szacowane są na 30-50 proc. przewidywanego do zebrania w danym sezonie.

Objawami wystąpienia głowni pylącej jęczmienia wywołanej przez Ustilago nuda są chlorotyczne plamy na liściach (objaw nie specyficzny), oraz zmiany w kłosach, w których w zamiast ziarniaków występują liczne skupiska zarodników.