Coraz większy udział zbóż w płodozmianie powoduje zwiększone zagrożenie występowania chorób grzybowych, zarówno pozostających na resztkach pożniwnych, jak i przenoszonych poprzez zakażone ziarno.

Ważnymi z gospodarczego punktu widzenia chorobami występującymi w sprzyjających warunkach pogodowych i agrotechnicznych mogą być zgorzel podstawy źdźbła i fuzaryjna zgorzel podstawy źdźbła i korzeni. Jednakże zgorzel podstawy źdźbła przy dobrej znajomości uwarunkowań agrotechnicznych i historii pola może być zwalczona przy zastosowaniu odpowiednich zapraw nasiennych, fuzaryjna zgorzel podstawy źdźbła i korzeni jest zwalczana równolegle z łamliwością źdźbła w uprawie pszenicy ozimej. Bardzo poważne straty w plonach pszenicy ozimej mogą wywołać choroby przenoszone z ziarnem lub choroby doglebowe, jednak stosowanie zapraw nasiennych w pełny sposób zabezpiecza pszenicę ozimą przed tymi patogenami, a zastosowanie odpowiednich fungicydów w dobranych programach ochrony pszenicy ozimej pozwala dobrze ją obronić przed najgroźniejszymi chorobami okresu wegetacji i zabezpieczyć wysokość i jakość plonu ziarna.

Najgroźniejszymi chorobami zagrażającymi pszenicy w okresie wegetacji są: mączniak prawdziwy, septorioza plew, septorioza paskowana liści pszenicy, brunatna plamistość liści, rdza brunatna i fuzariozy, które mogą wystąpić na prawie wszystkich organach zbóż, oraz choroby podstawy źdźbła.

Mączniak prawdziwy (Blumeria graminis).

Mączniak prawdziwy jest znaną chorobą występującą powszechnie na wszystkich gatunkach zbóż i mogącą porażać wszystkie nadziemne części roślin zbożowych. Warunkami sprzyjającymi infekcji jest wczesny siew, łagodna zima, zbyt wysokie nawożenie azotem, gęste łany powodujące słabą cyrkulację powietrza i wysoką wilgotność, a także uprawa odmian podatnych. W Polsce średnie porażenie roślin wynosi 33 procent. Straty plonu ziarna z powodu porażenia pszenicy ozimej przez mączniaka prawdziwego mogą wynosić, przy silnym występowaniu tego patogena, nawet powyżej 40 procent. Chorobę tę łatwo rozpoznać po mączystym nalocie. Pierwsze objawy można zaobserwować już na młodych siewkach, głównie jednak pojawiają się one na liściach i kłosach. Szkodliwość tej choroby zależy w dużym stopniu od tego, jaka powierzchnia asymilacyjna roślin została ograniczona porażeniem.