Choroby grzybowe kory lub drewna najczęściej występują podczas ciepłej i wilgotnej pogody. Objawy to najczęściej zapadnięta i gnijąca kora, nekrozy oraz zamieranie i łuszczenie się tkanki. Źródłem zakażenia są pasożytnicze formy grzybów występujące na obumarłych tkankach. Do zakażeń dochodzi przez rany powstałe po cięciu, uszkodzeniach, w spękaniach kory, ale również przez kwiaty i ogonki liściowe. Patogeny atakują konary, pnie jak również młode pędy, a nawet owoce.

W walce z chorobami istotne jest agrotechnika, czyli wycinanie porażonych pędów lub kory wykazującej zmiany chorobotwórcze, ale najważniejsze są zabiegi ochronne fungicydami zawierającymi związki benzimidazolowe (Topsin M 500 SC, Funaben Plus 03 PA) oraz miedziowe (Miedzian Extra 350 SC). Zabiegi chemiczne we wczesnym stadium rozwoju choroby, gwarantują jej zwalczenie.

W sadach jabłoniowych i gruszowych najczęstszą chorobą jest rak drzew owocowych. Patogen zimuje w postaci grzybni w zrakowaciałych tkankach lub jako czerwone, kuliste owocniki. Grzyb rozwija się przez cały rok, ale intensywne zarodnikowanie występuje wczesną jesienią. Objawami raka są rozległe brązowe nekrozy, które obejmują zarówno korę jak i drewno (brązowienie rdzenia).

Najbardziej podatnymi odmianami na raka są: Koksa, Topaz, Rajka, Gala, Elise, Elstar. Zwalczanie polega na wycinaniu chorych pędów lub czyszczeniu na pniu powstałych ran. Miejsca te należy zabezpieczyć maścią sadowniczą zawierającą Funaben oraz w okresie opadania liści dodatkowo zastosować oprysk Topsinem M 500 SC w dawce 1,5l/ha.

Groźną chorobą atakującą pestkowe drzewa owocowe jest leukostomoza wywoływana przez patogen Leucostoma. Grzyb wnika poprzez rany powstałe najczęściej po cięciu, w spękaniach kory, uszkodzenia mrozowe, przez owady czy w miejscu oparzeń słonecznych. Choroba jest bardzo groźna szczególnie dla młodych drzewek, prowadząc do ich nagłego zamierania. Objawem występowania choroby są wycieki gumowe z powstałych nekroz na pędach czy pniach. Leukostomoza prowadzi do więdnięcia i zamieranią nawet całych drzewek.

Porażone drzewa leukostomoza są osłabione i podatne na uszkodzenia mrozowe. W profilaktyce dodatkowo zaleca się opryskiwanie ich bioregulatorami, zawierającymi wyciągi z alg. Zabiegi ochronne należy prowadzić wykorzystując Topsin M 500 SC w dawce 15 ml/100 m2 w 5-9 l wody.