Są regiony w których chwościk burakowy nabył odporność na działanie niektórych substancji aktywnych w stosowanych fungicydach. Wykonane ostatnio przez Instytut Ochrony Roślin badania wskazują na wysoką odporność grzyba na tiofanat metylowy (grupa benzymidazoli). Blisko 80 proc. zebranych z terenu próbek chwościka, wykazywało tę cechę. Kolejne analizy dowiodły, że wytworzona przez grzyba odporność jest cechą trwałą i utrzymuje się w populacji przez wiele lat. Zatem okresowe (2–3 letnie) zaniechanie stosowania środka opartego tylko o tiofanat metylowy nie gwarantuje odtworzenia jego wcześniejszej skuteczności działania.
Prowadzone badania dowiodły również, że na obszarze centralnej Polski wzrasta odporność grzyba na tetrakonazol (grupa triazoli). Wysoką odporność na tę substancję aktywną stwierdzono w nieco ponad 10 proc. analizowanych próbek. Równocześnie aż 90 proc. z nich odznaczało się odpornością także na tiofanat metylowy.

Oznacza to, że chwościk wytworzył lokalne populacje odznaczające się brakiem wrażliwości jednocześnie na dwie substancje aktywne z dwóch różnych grup chemicznych. Nie ma wątpliwości, że zasięg ich występowania szybko wzrasta.
Praktycy zwracają też uwagę na obniżoną skuteczność fungicydów opartych o epoksynazol. Informacja ta nie znalazła jak na razie, potwierdzenia w szczegółowych badaniach. Jeśli jednak się potwierdzi, to plantatorzy buraków cukrowych będą dysponowali znacznie uszczuplonym zakresem środków przeciwko chwościkowi. Trudno też będzie mówić o pełnej skuteczności działania mieszanin fabrycznych zawierających w swym składzie wymienione substancje aktywne.

Cóż zatem robić, aby ustrzec plantacje od zniszczenia przez chwościka? Przede wszystkim dokładnie je lustrować, aby nie przeoczyć momentu zainfekowania roślin przez grzyb. W przypadku wczesnego wystąpienia objawów porażenia, to jest od początku lipca do pierwszych dni sierpnia, oprysk wykonuje się wówczas, gdy maksymalnie 5 proc. roślin (plamy na 5 liściach ze 100 zbadanych) jest porażonych. Nie oznacza to, że powinniśmy czekać aż ta wartość zostanie przekroczona. W warunkach ciepłej i przekropnej aury, już 3–4 proc. należy uznać za sygnał do wykonania oprysku.