Chorobą powodującą największe straty w uprawie ziemniaka jest zaraza ziemniaka.

W uprawach konwencjonalnych walka z nią jest o wiele łatwiejsza niż w ekologicznych, ze względu na możliwość stosowania szerokiej gamy fungicydów.

W produkcji ekologicznej dozwolone są tylko preparaty miedziowe, używane w ograniczonych ilościach. W większości krajów UE obowiązuje limit - 6 kg czystej miedzi na hektar, niemniej w Niemczech zmniejszono tę ilość do 4 kg, a Holandia, Szwecja i Finlandia wprowadziły całkowity zakaz jej stosowania.

Wysokość strat plonu bulw zależy od terminu wystąpienia i intensywności infekcji.

Im wcześniejsze porażenie roślin i lepsze warunki do rozwoju choroby, tym są one wyższe. Niektóre zabiegi agrotechniczne - uprawa odmian szybko gromadzących plon, tj. bardzo wczesnych i wczesnych, stosowanie podkiełkowania i większych sadzeniaków oraz uprawa odmian o wysokiej odporności na tę chorobę pozwalają ograniczyć wielkość strat.

Drugą, nie mniej groźną chorobą jest tzw. wczesna zaraza, czyli alternarioza.

W uprawach konwencjonalnych nie ma ona tak wielkiego znaczenia jak w uprawach ekologicznych. Wynika to stąd, że patogen rozwija się lepiej na roślinach niedożywionych i starszych fizjologicznie.

Często występujący na plantacjach ekologicznych niedobór azotu oraz stosowanie podkiełkowanych sadzeniaków sprzyjają rozwojowi choroby.

Alternarioza występuje wcześniej i na ogół powoduje mniejsze straty niż zaraza, dlatego też do niedawna była ona nieco lekceważona i nadal jest mniej poznana niż właściwa zaraza. Obserwacje tej choroby są dosyć trudne, szczególnie w późniejszym okresie jej rozwoju ze względu na to, że w pewnym momencie na roślinach występują równocześnie bardzo zbliżone objawy.

Warunki sprzyjające rozwojowi tych dwóch chorób są skrajnie różne. Rozwojowi alternariozy sprzyjają wysokie temperatury, niska wilgotność powietrza, lekkie gleby, niedożywione rośliny.

W przypadku zarazy jest dokładnie odwrotnie.

Instytut Hodowli i Aklimatyzacji Roślin w latach 2010-2011 przeprowadził badania, których celem była ocena porażenia roślin zarazą ziemniaka i alternariozą, uprawianych w dwóch systemach: ekologicznym i konwencjonalnym.