Chorobą powodującą największe straty w uprawie ziemniaka jest zaraza ziemniaka. Zwalczanie jej w uprawach ekologicznych jest trudne ze względu na brak możliwości stosowania syntetycznych fungicydów. Dozwolone jest korzystanie tylko z preparatów miedziowych i to w ograniczonej ilości. W większości krajów Unii Europejskiej - w tym także w Polsce, obowiązuje limit wynoszący 6 kg czystej miedzi na ha, ale w niektórych krajach, np. skandynawskich, obowiązuje całkowity zakaz używania tych środków.

Straty plonu powodowane przez zarazę zależą od terminu wystąpienia infekcji i jej intensywności. Im wcześniejsze porażenie roślin i bardziej sprzyjające warunki do rozwoju choroby, tym straty są wyższe. W warunkach produkcji ekologicznej sposobem na ograniczenie strat do akceptowalnego poziomu jest stosowanie metod agrotechnicznych - uprawa odmian szybko gromadzących plon, tj. bardzo wczesnych i wczesnych bądź korzystanie z późniejszych, lecz o wysokiej odporności na tę chorobę, a ponadto stosowanie większych i podkiełkowanych sadzeniaków.

W Instytucie Hodowli i Aklimatyzacji Roślin dokonano oceny porażenia ziemniaka zarazą ziemniaka, w warunkach uprawy ekologicznej i konwencjonalnej, przy korzystaniu z odmian o różnej wczesności i odporności na tę chorobę. Doświadczenie założono w centralnej Polsce, na glebie lekkiej, o składzie granulometrycznym piasku gliniastego lekkiego. W systemie konwencjonalnym stosowano 2 poziomy ochrony chemicznej roślin: intensywny, składający się 6-7 zabiegów, i ograniczony, obejmujący 3-4 opryski.

Rozwój zarazy ziemniaka oceniano tempem szerzenia się choroby. Zależało ono w sposób istotny od wszystkich badanych czynników, ale największy wpływ miały warunki termiczno-wilgotnościowe panujące w latach badań. W lata sprzyjające chorobie było ono ponad 3-krotnie szybsze. System produkcji również odgrywał istotne znaczenie. Średnio dla lat badań zaraza rozwijała się szybciej w systemie ekologicznym niż w konwencjonalnym, ale w poszczególnych latach badań różnice między systemami nie były jednakowe. W sezonie odznaczającym się małą presją patogenu w obu systemach produkcji tempo szerzenia się choroby było zbliżone, szczególnie dotyczyło to systemu ekologicznego i konwencjonalnego z ochroną ograniczoną. W przypadku odmian o wyższej odporności tempo szerzenia się choroby w systemie ekologicznym było nawet wolniejsze. Porównując jednak system ekologiczny i konwencjonalny, ale z intensywną ochroną, wolniejsze tempo rozwoju choroby odnotowano w systemie konwencjonalnym.