Do ważnych chorób występujących na rzepaku w okresie wegetacji zalicza się suchą zgniliznę kapustnych, zgniliznę twardzikową, czerń krzyżowych i szarą pleśń. Ich sprawcy powodują niejednokrotnie znaczne straty w ilości i jakości plonu nasion. Zależy to od tego, która część rośliny zostanie porażona, od podatności odmiany oraz warunków i nasilenia infekcji. Szkodliwość wymienionych chorób jest potęgowana przez to, że mogą one wystąpić na łuszczynach w końcowej fazie rozwoju rzepaku. Zdecydowanie najpoważniejsze konsekwencje wynikają z tego, że wtedy najczęściej następuje porażenie łuszczyn przez grzyby rodzaju Alternaria (A. brassicae, A. brassicicola, A. alternata), czyli sprawców czerni krzyżowych. W tym przypadku na łuszczynach, podobnie jak na liściach, obserwujemy charakterystyczne liczne, drobne, brunatne plamy, nieco wgłębione, które stopniowo łączą się ze sobą, niszcząc coraz większą powierzchnię łuszczyn. Plamy te najczęściej występują przy szwie, przez co dochodzi do kurczenia się, zasychania i pękania w tym miejscu. Na plamach, szczególnie przy wysokiej wilgotności względnej powietrza, tworzą się liczne zarodniki konidialne, które w specyficznym mikroklimacie gęstych roślin rzepaku, szybko się rozprzestrzeniają z kroplami deszczu lub przez wiatr, infekując kolejne liście i łuszczyny. Szczególnie duże straty występują u odmian o mniejszej odporności na porażenie przez sprawców czerni krzyżowych. W warunkach wysokiej wilgotności można się liczyć wówczas z ubytkiem potencjalnego plonu, wynoszącym nawet 30-35 proc. Silne porażenie łuszczyn prowadzi niekiedy do ich zamierania jeszcze przed zawiązaniem nasion. Najczęściej jednak porażenie skutkuje przedwczesnym pękaniem łuszczyn i osypywaniem się nasion. Obecność grzybów chorobotwórczych na łuszczynach początkowo ogranicza ich powierzchnię asymilacyjną, potem powoduje też zahamowanie wzrostu i dojrzewania nasion.