W okresie kwitnienia i zawiązywania łuszczyn rzepaku, występuje wysokie ryzyko infekcji roślin przez zarodniki zgnilizny twardzikowej i czerni krzyżowych. Ciepła i wilgotna pogoda panująca w tym okresie sprzyja rozwojowi tych chorób.

Na razie PIORIN uaktywnił swoje komunikaty dla zgnilizny twardzikowej dla Opolszczyzny i niektórych powiatów Dolnego Śląska. Aktulanie panują odpowiednie warunki dla rozwoju grzyba.

Opadające płatki stanowią doskonałą pożywkę do rozwoju grzybów, a opadając pozostają na liściach i wówczas grzyb swobodnie może kiełkować i porażać pozostałe części rośliny.

Objawy porażenia zgnilizny twardzikowej pojawiają się w maju lub w późniejszych okresach wegetacji. Choroba atakuje nadziemne części roślin. Porażone liście, łodygi, łuszczyny brunatnieją, gniją i zamierają. Progiem ekonomicznej szkodliwości jest stwierdzenie pierwszych oznak choroby (1% roślin porażonych) lub 1–5 apotecjów/1m2

Objawy czerni krzyżowych również są widoczne na wszystkich organach roślin. Na liściach są widoczne w postaci czarnych i brunatnych plam. Najgroźniejsze jest porażenie przez patogena łuszczyn. Grzyb łatwo wzrasta do ich wnętrza i zakaża nasiona. Może również przyczynić się do przedwczesnego dojrzewania łuszczyn i ich obsypywania. 

Progiem szkodliwości czerni krzyżówych jest obserwowanie objawów choroby na  10-30 procentach roślin. Ta rozpiętość progu zależy od ilości spodziewanego plonu i od zamierzonego poziomu ochrony plantacji. 

Porażeniom przez choroby sprzyjają uszkodzenia tkanek np. występujące po gradobiciu, przymrozku lub różnego rodzaju pęknięcia łodyg  (powrzechnie występujące w tym roku).

Możliwy termin zastosowania większości fungicydów jest dość szeroki. Mieści się w czasie od początku kwitnienia rzepaku, (niektóre można stosować nawet w okresie pąkowania) do końca kwitnienia, a nawet do początku zawiązywania łuszczyn. Opadanie pierwszych płatków jest najczęściej wybieranym przez rolników terminem stosowania zabiegu fungicydowego. Często stosują go profilaktycznie wraz z zabiegiem insektycydowym przeciwko szkodnikom łuszczynowym.

Aktualnie istnieje bogaty wybór fungicydów do ochrony rzepaku przed chorobami grzybowymi i nie sposób ich tutaj wymienić. Substancje czynne, które wchodzą w skład tych fungicydów, należą do wielu grup chemicznych, a są to triazole, strobiluryny, imidazole i inne. Warto wybrać te, które gwaratują długotrwałe działanie ochronne.