Największe i tym samym najczęstsze szkody  związane są z niskimi temperaturami. Powodują one całkowite zniszczenie roślin lub znacznie uszkodzenie organów roślinnych. Wytrzymałość na mróz jest uzależniona od odmiany, ale w dużej mierze zależy od stopnia przygotowania rośliny do zimowania oraz jej zahartowania. Przemarznięcie liści nie zaszkodzi rzepakowi, może jedynie nieco spowolnić opóźnienie wiosennego rozwoju roślin. W tym przypadku prawidłowe poprowadzenie plantacji i w raz z ruszeniem wegetacji jak najszybsze podanie roślinom odpowiedniej dawki nawozów zregeneruje szybko rośliny.

Poważne szkody pojawiają się gdy zostanie zniszczona szyjka korzeniowa i/lub system korzeniowy. Gdy zostanie uszkodzona szyjka a korzeń przeżyje niestety taka roślina wyda wiele mało produktywnych pędów i będzie odznaczać się bardzo nierównomiernym kwitnieniem, a co za tym i dojrzewaniem. Częściowe zniszczenie i przemrożenie systemu korzeniowego z kolei może powodować wiele negatywnych następstw w dalszym rozwoju rośliny.

Trzeba mieć na uwadze, że uszkodzenia pozimowe mogą by potęgowane na skutek wcześniejszych uszkodzeń spowodowanych przez szkodniki. W tym przypadku największe znaczenie mają pchełki oraz śmietka kapuścianka.

Rośliny gorzej zimują na pagórkach oraz na południowych niż na północnych stokach. Kultura gleby też ma znaczenie. Rośliny rosnące na zbitej glebie i o wadliwej strukturze częściej wymarzają.

Szkody powstałe na skutek bardzo wysokich mrozów uzależnione są również od grubości pokrywy śnieżnej. Gdy przed ich nadejściem spadnie przynajmniej 10 cm warstwa śniegu rośliny w dużym stopniu są zabezpieczone przed mrozami. Ważne jest także w jakich okolicznościach spadnie śnieg. I jaką stworzy strukturę. Gdy gruba warstwa śniegu spadnie na zamarzniętą uprzednio glebę, rzepak wytrzymuje wówczas mrozy do -25°C.

Gdy opad śniegu spadnie na niedostatecznie zmarzniętą glebę następować może tzw. wyprzenie roślin. Pod taką pokrywą utrzymuje się często wyższe temperatura w skutek czego rośliny szybciej oddychają. W wyniku tego po zejściu śniegu ukazują się rośliny z brunatnymi, zgniłymi liśćmi. Na ten typ uszkodzeń bardziej jednak narażone są zboża niż rzepak.