Porażenie rzepaku przez grzyby powoduje obumieranie liści i utrudnione przewodzenie substancji przez uszkodzone szyjki korzeniowe. Konsekwencją jest słaba kondycja roślin przed zimą, silne przerzedzenie plantacji na wiosnę, a w rezultacie redukcja plonu sięgająca nawet kilkudziesięciu procent. Niższe, kilkunastoprocentowe straty spowodowane ich rozwojem odnotowuje się niemal każdego roku. Ciepły, z obfitymi nocnymi rosami tegoroczny wrzesień sprzyjał rozwojowi grzybów.

Najgroźniejszymi jesiennymi chorobami w rzepaku ozimym są sucha zgnilizna kapustnych i czerń krzyżowych. Pierwsza z nich jest jedną z najbardziej rozpowszechnionych i najgroźniejszych. Rośliny początkowo porażane są przez zarodniki workowe (askospory), które powstają w owocnikach na źle przykrytych resztkach pożniwnych. Ponieważ mogą się przemieszczać z wiatrem, zakażają młody rzepak w promieniu kilku kilometrów od miejsca ubiegłorocznej uprawy tej rośliny. Termin porażenia i tempo wzrostu grzyba w tkankach rośliny decyduje o nasileniu objawów i szkodliwości choroby. Jesienią objawy porażenia widoczne są głównie na liściach, a szyjki korzeniowe wydają się być zdrowe.

Po wniknięciu zarodników do rośliny poprzez aparaty szparkowe, grzyb zajmuje tkanki liści. Powstają jasnozielone plamy, niekiedy otoczone brunatno-czerwoną obwódką z czarnymi punktami - skupienia zarodników tzw. piknidia. Powstające w nich zarodniki konidialne, rozprzestrzeniają się z wodą (np. z rosy) wywołują bardzo liczne infekcje wtórne w obrębie plantacji.

Przy swobodnym rozwoju, grzybnia przerasta ogonki liściowe i przez łodygi sięga szyjki korzeniowej. W tym miejscu grzyb powoduje największe szkody. Pojawiają się mokre (z czasem suche, spękane) brunatne plamy, które rozszerzając się, obejmują głębiej leżące tkanki. Wiosną, silnie porażone rośliny przybierają barwę niebiesko czerwoną, nie rosną, więdną, a część z nich zamiera. Te które mimo wszystko przetrwają, wybiją w pędy kwiatostanowe ale na plon ziarna nie ma co liczyć. Łamią się u podstawy i obumierają.
Czerń krzyżowych to choroba, której źródłem infekcji są również resztki pożniwne, ale nie tylko rzepaku. Grzyb rozwija się na wielu gatunkach roślin, przez co jego występowanie jest ży bardzo powszechnie. Jesienne porażenie wywołują roznoszone przez wiatr zarodniki konidialne. Na liściach i łodygach rzepaku tworzą się mniej lub bardziej regularne, brązowe plamy. W sprzyjających warunkach (wysoka wilgotność powietrza) występowanie czerni krzyżowych przybiera charakter masowy.