Wapń jest potrzebny do tworzenia stabilności ścian komórkowych u roślin. W roślinach występuje w różnych postaciach: jako związek węglanu wapnia wbudowany jest w powierzchnię ścian komórkowych, jako pektynian wapnia (protopektyna) jest w ścianach komórkowych. Najwięcej wapnia zgromadzone jest w komórkach roślin w mitochondriach.

Wapń jest niezbędnym składnikiem dla stabilizacji membran plazmatycznych, tzn. utrzymuje ich właściwą strukturę oraz spójność łańcuchów pektynowych, które powiązane są za pomocą wapnia. Pektyniany uczestniczą w budowie ścian komórkowych i szczególnie dużo jest ich w blaszce środkowej, która jest elementem spajającym poszczególne komórki ze sobą, tworzącym układ szkieletowy.

Brak wapnia w komórkach roślin będzie obniżać ich odporność, bowiem jony wapnia (Ca2+) hamują aktywność enzymów rozpuszczających środkowe płytki skórki. Obecność tkanek o odpowiedniej zawartości wapnia podnosi wytrzymałość ścian komórkowych (szkieletu). Zwiększa się wówczas odporność roślin na wyleganie, niesprzyjające warunki klimatyczne, jak: susza czy niskie temperatury poza tym to ściany komórkowe stanowią zaporę przed patogenami chorobotwórczymi.