Zagrożenie, ze strony patogenów chorobotwórczych może występować lokalnie. Póki co nie ma doniesień o większych problemach z chorobami zbóż. Są jedynie sygnały o pierwszych objawach mączniaka prawdziwego i dotyczy to głównie jęczmienia ozimego. W jęczmieniu pojawiła się również plamistość siatkowa jęczmienia. W pszenicy natomiast sporadycznie można spotkać mączniaka prawdziwego oraz septoriozę paskowaną liści pszenicy. Dotyczy to głównie wcześnie sianych plantacji. Zboża raczej wolne są póki co od rdzy.

Należy mieć jednak na uwadze, że pierwsze objawy świadczą, że istnieje wysokie ryzyko nasilenia się infekcji w warunkach korzystnych dla ich rozwoju. Przed nami praktycznie cały listopad i póki co brak w prognozach większych spadków temperatur, zazwyczaj hamujących rozwój patogenów. Grzyby zatem mogą się nadal rozwijać.

Zwalczanie chorób grzybowych w zbożach ozimych jesienią nie jest popularne, choć wielu zwłaszcza większych rolników zabiegi takie wpisało już na stałe w harmonogram prac jesiennych.Przeprowadzenie chemicznego zabiegu jesienią (w sytuacjach, gdy zostanie przekroczony próg szkodliwości), pozwala na lepsze przezimowanie ozimin oraz stwarza roślinom lepsze warunki wzrostu po wznowieniu wegetacji wiosną. Pozwala również opóźnić wykonanie pierwszego zabiegu w terminie T-1. 

Na tym etapie można także już zaryzykować, że fungicydów nie będą potrzebowały późno wysiane zboża (po optymalnym terminie). Obecnie są one w fazie 1-2 liścia i raczej przed zimą nie wytworzą całego garnituru liści. Przy późnych siewach większe znaczenie ma wybór odpowiedniej zaprawy.