Jęczmień jary w porównaniu do pozostałych gatunków zbóż odznacza się najkrótszym okresem wegetacji. W związku z tym można by sądzić, że jest mniej narażony na porażenie chorobami. Niestety, w praktyce rolniczej zboże to choruje często, a wiele atakujących go grzybów przenoszonych jest wraz z materiałem siewnym. Należy też pamiętać, że zaprawianie nasion wraz z dobrej jakości materiałem siewnym to elementy obowiązującej od blisko roku integrowanej ochrony roślin.

Uprawa tego gatunku zboża bywa jednak zaniedbywana. Powodów jest kilka. Po pierwsze, jest to forma jara, więc plonująca niżej od ozimej, której rolnicy więcej poświęcają uwagi. Po drugie, na wiosnę jest takie spiętrzenie prac polowych, że często na zabieg zaprawiania brakuje czasu. Warto więc wyprzedzić bieg wydarzeń.

Zaprawianie można wykonać nawet miesiąc przed planowanym siewem. Pozwoli to wykonać zabieg starannie, co w tym przypadku jest warunkiem sukcesu. Jeśli dobrze zostaną zabezpieczone worki z ziarnem, nie ma obawy, że zaprawa straci swoje właściwości, obniży siłę i energię kiełkowania nasion. Przygotowany materiał siewny powinno się przechowywać w chłodnym, suchym i dobrze wietrzonym magazynie.

Szereg patogenów wywołujących choroby rozprzestrzenia się za pośrednictwem ziarna. Jedną z najgroźniejszych, której rozwój ograniczany jest w dużym stopniu poprzez zaprawianie, jest zgorzel siewek. Chorobę tę może wywoływać wiele gatunków grzybów znajdujących się na nasionach oraz bytujących powszechnie w glebie. Do tej grupy zaliczyć należy przede wszystkim te z rodzaju Fusarium, Rhizoctonia, Botrytis, Alternaria oraz Sclerotinia. Zgorzel siewek może doprowadzić do dużych strat, zwłaszcza gdy w okresie wschodów występują niekorzystne warunki do kiełkowania. Gdy jest za mokro lub wręcz przeciwnie - za sucho, temperatury na zewnątrz ulegają mocnym wahaniom lub siew wykonano za głęboko, szybko może dojść do infekcji. Porażone rośliny mogą zamierać lub zostać znacznie osłabione. Wyróżnia się zgorzel:

przedwschodową - porażane są kiełki, które ciemnieją i gniją, a siewki nie wydostają się na powierzchnię gleby;

powschodową - siewki zamierają po wschodach na skutek zniszczenia systemu korzeniowego lub porażenia części podliścieniowej.