Jęczmień, a szczególnie jego forma jara, jest popularnym, chętnie uprawianym zbożem. Wynika to z wysokiej wartości paszowej ziarna. Jego przydatność w żywieniu zwierząt warunkuje jednak brak obecności mikotoksyn, będących metabolitami wtórnymi grzybów należących do różnych rodzajów, w tym np. Fusarium.

Mikotoksyny stanowią poważne zagrożenie dla zdrowia ludzi i zwierząt.

Obok działania toksycznego wykazują również właściwości rakotwórcze, mutagenne, teratogenne i estrogenne, a ich szkodliwe działanie stwierdza się nawet w przypadku występowania w niewielkich stężeniach.

Ziarno jęczmienia wolne od mikotoksyn można wyprodukować tylko wówczas, gdy rośliny są wolne od grzybów chorobotwórczych, szczególnie tych, które mają zdolność wytwarzania mikotoksyn. Nie jest to możliwe bez wykorzystania chemicznych środków grzybobójczych stosowanych w czasie całego okresu wegetacji jęczmienia.

Pierwszym ważnym elementem walki z grzybami jest zaprawianie ziarna. Ten etap rolnicy mają już za sobą. Kolejny to jeden lub dwa opryski fungicydami w czasie wegetacji.

Jęczmień warto chronić wcześnie, zwlekanie z wykonaniem oprysku jest równoznaczne z przyzwoleniem na rozwój sprawców chorób i tolerowaniem strat wywoływanych przez obecność grzybów chorobotwórczych.

Choroby obserwowane w jęczmieniu mają różne znaczenie. W zależności od fazy wzrostu jęczmienia, zmienia się szkodliwość każdej z nich. Dobrym przykładem może być sprawca mączniaka prawdziwego. Szczególnie groźny jest w początkowych fazach wzrostu. Na etapie krzewienia wywołuje słabsze krzewienie produkcyjne (mniejsza ilość źdźbeł kłosonośnych), a niszcząc powierzchnie asymilacyjną, ogranicza wzrost roślin.

Niemniej niebezpieczne są plamistość siatkowa liści i rynchosporioza zbóż. Grzyby je wywołujące niszczą komórki liści, co niesłychanie zaburza gospodarkę wodną roślin. Poprzez martwe fragmenty części nadziemnej następuje niekontrolowane oddawanie wody. Ilości dostarczane przez system korzeniowy nie wystarczają do wyrównania tych strat. W efekcie dochodzi do przedwczesnego zamierania roślin. Plamistość siatkowa liści - uważana obecnie za najgroźniejszą chorobę tego gatunku zboża - poraża rośliny od wczesnych stadiów rozwojowych.