Genomika pozwoliła na zmianę podejścia do oceny wartości hodowlanej zwierząt. Tradycyjna oparta była o rodowody oraz wyniki użytkowości. Aby ocenić wartość hodowlaną buhaja, należało czekać, aż jego córki wejdą w laktację. Aktualnie stosowane są metody, oceniające wartość hodowlaną buhaja już z chwilą jego narodzin.

Ostatnie kilka lat przyniosło nam rozwój nauk genetycznych. Wyścig w celu zsekwencjonowania ludzkiego genomu spowodował rozwój technik oraz drastyczne obniżenie kosztów ich stosowania (koszt zsekwencjonowania pojedynczego nukleotydu zmniejszył się 100 mln razy od 1990 r.). Obecnie najdokładniejszą ocenę genotypu można oprzeć na zsekwencjonowanej, całej informacji genetycznej danego osobnika. Jest to jednak metoda czasochłonna, a przez to nadal stosunkowo kosztowna.

SINGLE NUCLEOTIDE POLYMORPHISM

Stan rzeczy zmieniło wykorzystanie SNP. Jest to metoda polegająca na porównywaniu informacji genetycznej dwóch lub większej liczby osobników, w najważniejszych punktach. Działa to mniej więcej w taki sposób, jakbyśmy chcąc poznać treść książki, nie czytali jej całej, ale sprawdzili, jakie litery znajdują się określonych miejscach, co 100-200 znaków. Miejsca te to właśnie SNP (ang. Single Nucleotide Polymorphism), czyli polimorfizmy pojedynczego nukleotydu. W tych punktach znajduje się 90 proc. zmienności osobniczych. Metoda ta jest ciągle rozwijana, odkrywane są nowe SNP.

Jednak same polimorfizmy pojedynczego nukleotydu zwykle nie mają bezpośredniego wpływu na fenotyp zwierzęcia. Ich znaczenie polega na tym, że naukowcom udaje się przypisać do nich wiele różnych genów. Odcinek DNA składający się z kodujących genów oraz SNP nazywany jest haplotypem. Ta część informacji genetycznej jest sprzężona ze sobą i przez to łącznie przekazywana potomstwu. Intensywne badania poszerzają naszą wiedzę, ponieważ obok odkrywania nowych miejsc polimorfizmu pojedynczego nukleotydu najważniejsze jest powiązanie poszczególnych haplotypów z wartościami cech użytkowych. Na każdą z cech, takich jak m.in. wydajność, długowieczność, wykorzystanie paszy, składają się efekty działania wielu haplotypów.