W związku z wystąpieniem Zarządu Krajowej Rady Izb Rolniczych w dniu 27 września 2016 r.  z wnioskiem do Ministra Finansów w sprawie wezwań wysyłanych przez Urzędy Kontroli Skarbowej do producentów mleka odnośnie rozliczenia się ze sprzedaży kwot mlecznych i osiągnięcia dodatkowych dochodów z tej transakcji, Zarząd KRIR uważa, że urzędy państwowe, w tym UKS-y nie mają prawa kwestionować umów cywilno-prawnych zawartych między rolnikami na sprzedaż-kupno kwot mlecznych.

UKS-y żądają od rolników potwierdzenia cen obowiązujących na kwoty mleczne w latach 2011-2014. Natomiast zarówno Agencja Rynku Rolnego jak i inne instytucje nie prowadziły ewidencji cen kwot mlecznych funkcjonujących na rynku. W związku z ww. wnioskiem Ministerstwo Finansów w piśmie z dnia 27 października 2016 r. poinformowało, że:

"Przepisy ustawy z dnia 28 września 1991 r. o kontroli skarbowej (Dz. U. z 2016 r., poz. 720 z późn. zm.) nakładają na organy kontroli skarbowej obowiązek ochrony interesów i praw majątkowych Skarbu Państwa oraz zapewnienie skuteczności wykonywania zobowiązań podatkowych i innych należności stanowiących dochód budżetu państwa lub państwowych funduszy celowych, o czym stanowi art. 1 ust 1 tej ustawy. Wyznaczone przez ustawę o kontroli skarbowej cele organy kontroli skarbowej realizują m.in. poprzez kontrolę rzetelności deklarowanych podstaw opodatkowania oraz prawidłowości obliczania i wpłacania podatków stanowiących dochód budżetu państwa.

Zagadnienia związane z sprzedażą przez producentów mleka kwot mlecznych badane są przez organy kontroli skarbowej w oparciu o obowiązujące przepisy prawa, a każda z tych spraw podlega indywidualnej analizie i ocenie. Z posiadanych przez Ministerstwo Finansów informacji wynika, iż zagadnienia te nie są jednak przedmiotem ukierunkowanych lub też skoordynowanych działań ze strony organów kontroli skarbowej.