Stada krów, w których utrzymywane są holsztyny osiągnęły już taki poziom wydajności, z którego ich właściciele są zadowoleni, ale pożądana jest poprawa cech funkcjonalnych. To nasunęło myśl, aby w stadach takich posłużyć się krzyżowaniem różnych populacji bydła, gdyż właśnie w wyniku programów hybrydyzacji poprawiono cechy funkcjonalne u innych gatunków zwierząt (świnie, drób, bydło mięsne).

Krzyżowanie może przynieść wielorakie korzyści:

  • Różnice genetyczne między poszczególnymi populacjami bydła mogą się sumować. Taki cel przyświecał hodowcom w byłej NRD przy tworzeniu bydła SMR.
  • Wykorzystanie komplementarności populacji różniących się użytkowością w obrębie cech wykazujących negatywne korelacje genetyczne. Na przykład krzyżowanie płodnych linii matecznych z liniami ojcowskimi o bardzo wysokim poziomie mięsności. W odniesieniu do bydła mlecznego takie przykłady trudno podać.
  • Wykorzystanie heterozji. Największy jej wpływ uzyskuje się w przypadku kojarzeń między zinbredowanymi liniami homozygotycznymi. W wypadku zwierząt gospodarskich w ogólności, a w wypadku bydła szczególnie, jest to metoda niemożliwa do praktycznego wykorzystania.

Heterozja ujawnia się także najczęściej w wypadku cech o niskich wskaźnikach odziedziczalności. Do tej grupy zalicza się: zdrowotność, długość użytkowania i płodność, co w przypadku doskonalenia bydła nabiera właśnie olbrzymiego znaczenia.

W hodowli świń znany jest system krzyżowania prostego (dwóch ras) i wielostopniowego (trzech lub czterech ras). Dużą zaletą tego systemu jest możliwość maksymalnego wykorzystania komplementarności ras. Ograniczeniem jest natomiast duży nakład związany z utrzymaniem czystych linii wyjściowych i mieszańców pierwszego pokolenia oraz organizacji zaopatrzenia w materiał zarodowy i reprodukcyjny. W przypadku bydła mlecznego model ten nie może być praktycznie zastosowany.

Systemy krzyżowania używające mieszańce do reprodukcji nie mogą w pełni wykorzystać wpływu heterozji, gdyż heterozygotyczność mieszańców nie jest pełna pod względem genetycznym, a dodatkowo mogą wystąpić straty powodowane rekombinacją w dalszych stadiach krzyżowania. Główną zaletą jest jednak możliwość zapewnienia własnej reprodukcji opartej o mieszańce. W tym wypadku mamy do czynienia z krzyżowaniem rotacyjnym. Wciąż jednak niezbędne są rasy czyste.