Problem psucia się kiszonek pojawia się z różnych powodów, do najczęstszych należą jednak błędy popełnione podczas zbioru – zbyt wcześnie lub późno, konserwacji – złe zagęszczenie i okrycie folią kiszonkarską, a także podczas wybierania z silosu.

Nadmierne odkrycie pryzmy, nierównomierne wybieranie kiszonki lub nawet niewłaściwy kierunek wybierania umożliwiają napowietrzanie kiszonki przez co dochodzi do fermentacji wtórnej i widocznego gołym okiem psucia się jej w silosie. Jednak nie wszystko jest tak widoczne i oczywiste bowiem rozwijające się mikroorganizmy, głównie grzyby i pleśnie produkują mykotoksyny, które mają negatywny wpływ na produkcyjność i zdrowotność krów mlecznych.

Jednak są też inne powody psucia się kiszonek. Do powodów ich występowania można by zaliczyć przede wszystkim zbyt wczesny termin zbioru, a także błędy w przechowywaniu występujące z wielu różnych powodów, począwszy od złego umieszczenia pryzmy i podsiąkanie przez wody opadowe lub niewielkie perforacje folii kiszonkarskiej, które to wystarczą do złego kierunku fermentacji w naszej kiszonce – fermentacji masłowej.

Bakterie kwasu masłowego mogą powodować gnilny rozpad białka i tym samym psucie się paszy. Podczas rozpadu białek uwalniany jest amoniak, który powoduje obniżenie się pH kiszonki. Bakterie kwasu masłowego zużywają również wyprodukowany przez bakterie kwas mlekowy co również powoduje obniżenie pH. Zużycie składników pokarmowych prowadzi do obniżenia wartości pokarmowej kiszonki, a zbyt duża koncentracja kwasu masłowego mocno obniża jej smakowitość.

Obniżone pobranie ze względu na niską smakowitość, a także niską wartość pokarmową podawanej zwierzętom kiszonki mogą być czynnikiem ketogennym. Produktem ubocznym tej fermentacji jest kwas beta-hydroksymasłowy. Kwas ten jest ciałem ketonowym i przenika on z układu pokarmowego do krwioobiegu – co czyni go również czynnikiem prowadzącym do stanu jakim jest ketoza krów mlecznych.

Kiszonki takie powinny być całkowicie usunięte z dawki dla krów mlecznych. Należy uważnie obserwować silosy by zepsute kiszonki nie trafiły nawet omyłkowo na stół paszowy – bowiem kilkuminutowy proces ich mieszania w wozie paszowym sprawi, że nie będzie można stwierdzić ich obecności, a nawet niewielkie ich ilości mogą się odbić na zdrowotności stada i przez to pośrednio na wyniku ekonomicznym gospodarstwa. Należy dbać o każdy element produkcji pasz objętościowych w gospodarstwie, gdyż już sama zepsuta kiszonka jest realną stratą finansową.