Głównym skutkiem kwotowania produkcji mleka dla producentów mleka była zmiana warunków funkcjonowania i rozwoju gospodarstwa, którego wzrost został administracyjnie ograniczony przez limit sprzedaży. Kwoty wymusiły konieczność zmian w sposobie zarządzania produkcją, kalkulowania kosztów, planowania na dłuższy okres czasu i bilansowania dostaw z przyznanym limitem.

Zmiana uwarunkowań zewnętrznych  - regionalizacja obrotu, ceny kwot
Od kilkunastu lat obserwuje się w Polsce proces koncentracji produkcji mleka w regionach o korzystnych uwarunkowaniach przyrodniczo-ekonomicznych. W 2005/2006 r. w trzech województwach (mazowieckie, podlaskie, wielkopolskie,) skup mleka stanowił prawie 51 proc. mleka skupionego w kraju. W kolejnych czterech województwach (łódzkie, warmińsko-mazurskie, lubelskie i kujawsko-pomorskie) łączny skup stanowił około 30 proc. dając w sumie ponad 80 proc. krajowej produkcji. Jednak pomimo, że przez 2 lata wielkość przyznanych producentom indywidualnych kwot mlecznych wzrosła w skali kraju o prawie 16 proc., struktura skupu mleka nie zmieniła się. Przyjęty przez Polskę system transferów kwot, w którym kwoty są zamknięte w poszczególnych regionach jest szczególnie niekorzystny dla rozwoju produkcji mleka i spowalnia postępującą specjalizację regionalną. System ten hamuje mechanizmy rynkowe, które wymuszają przesuwanie produkcji mleka do regionów o korzystnych warunkach przyrodniczo-ekonomicznych, gdzie jest ona bardziej opłacalna. Powoduje to obniżenie konkurencyjności polskiego mleczarstwa w skali kraju, ale także w skali mikro, bowiem tracą na tym zarówno gospodarstwa mleczne położone w regionach o korzystnych warunkach, jak i producenci w regionach, gdzie dla produkcji mleka nie ma korzystnych uwarunkowań.

Producenci w regionach o dynamicznie rozwijającej się produkcji stają przed barierą niskiej podaży kwot w regionie i ich wysokich cen. Aby móc rozwijać się, rolnicy zmuszeni są do nabywania kwoty po wyższej cenie, co wpływa na zmniejszenie efektywności produkcji mleka. Natomiast w regionach, gdzie produkcja mleka rozwija się gorzej, rolnicy nie mogą znaleźć nabywców na swoje kwoty mleczne. Jeśli ograniczają produkcję, ich niewykorzystany limit zostaje odebrany przez ARR na rzecz rezerwy bez rekompensaty finansowej (gdy producent dostarczy mniej niż 70 proc. mleka dozwolonego przez kwotę). Także cena, jaką udaje się uzyskać za zbywaną kwotę jest znacznie niższa niż w wiodących regionach.