Dezynfekcja ma na celu zniszczenie wegetatywnych form drobnoustrojów i przechodzi w trzech etapach. Pierwszy z nich to odkażanie wstępne, czyli wykorzystanie środka odkażającego w obiekcie po wyprowadzeniu zwierząt. Następny etap to z kolei oczyszczanie mechaniczne, które polega na usuwaniu obornika i myciu wysokociśnieniowym z dodatkiem środków chemicznych. Ostatnim etapem jest tzw. dezynfekcja właściwa, która może być prowadzona w dwojaki sposób metodą fizyczną mniej popularną oraz chemiczną.

Dezynsekcja to niszczenie owadów, a także roztoczy. Które mają wpływ na zachorowalność u ptaków i tak na przykład, roznosicielem wielu chorób u drobiu jest pleśniakowiec lśniący. Zwalczanie odbywa się dzięki stosowaniu następujących metod. Metoda chemiczna najpopularniejsza u hodowców, bo najwygodniejsza. Polega na zastosowaniu środków chemicznych (insektycydów). Metoda fizyczna - jej działanie odbywa się przy użyciu temperatury czy promieniowania. Jednak do najpopularniejszych sposobów dezynsekcji zaliczamy: fumigację, płytki owadobójcze, zadymianie, oprysk czy stosowanie aerozolu.

Deratyzacja to natomiast zwalczanie gryzoni. W obiektach gdzie występuje zboże pojawiają się głownie myszy i szczury. Ich negatywne działanie polega na zjadaniu paszy, niszczeniu instalacji czy konstrukcji ścian budynków. Zwalczać je możemy stosując pułapki, potrzaski czy wykładając trutki (rodentycydy), które występują w formie: proszku, granulatu, pasty czy saszetek.