Kontrole weterynaryjne mają na celu ustalić faktyczny stan i porównać go ze stanem określonym w przepisach weterynaryjnych. Stan faktyczny ustalany jest na podstawie dowodów tj. dokumenty, oględziny, zeznania świadków, opinie biegłych, wyjaśnienia i oświadczenia. Kontrole mogą być okresowe, przeprowadzane na podstawie planów kontroli i doraźne - podjęte poza nim.

Kontrolujący, czyli pracownik Inspekcji lub wyznaczona na podstawie przepisów o IW osoba ma obowiązek:
- podczas wykonywania czynności kontrolnych nosić w widocznym miejscu odznakę identyfikacyjną,
- okazać legitymację służbową i stosowne upoważnienie przed podjęciem czynności kontrolnych,
- przed rozpoczęciem kontroli, poinformować kontrolowanego o jego prawach i obowiązkach.

Inspektor powinien:
- w razie konieczności zapoznania się z informacjami niejawnymi posiadać poświadczenie upoważniające do dostępu do takich informacji.

Nie może:
- przekazywać oraz ujawniać innym organom danych (informacje, dokumenty) uzyskanych w wyniku kontroli w szczególności takich jak stosowane przez kontrolowanego technologie (za wyjątkiem dowodów popełnienia czynu zabronionego).

Inspektor może:
- przy przeprowadzaniu kontroli korzystać z pomocy Policji (jeśli jest to niezbędne).

Z przeprowadzonej kontroli sporządzany jest protokół, zawierający min opis stwierdzonego stanu faktycznego, w tym ujawnionych nieprawidłowości, ich zakresu i skutków. Co istotne kontrolowany podmiot przed podpisaniem dokumentu- może w terminie 7 dni od daty otrzymania protokołu zgłosić pisemnie zastrzeżenia co do jego treści.

Może to skutkować zmianami w protokole (jeśli zastrzeżenia kontrolowanego zostaną uznane). Jednak odmowa podpisania dokumentu nie stanowi przeszkody do realizacji ustaleń kontroli.