Suche, zdawałoby się, zboże i robione z niego mieszanki paszowe są jednak dobrym środowiskiem dla rozwoju grzybów pleśniowych i bakterii. Szczególnie niebezpieczne są te grzyby, które w odpowiedniej temperaturze i wilgotności wytwarzają metabolity zwane mikotoksynami. Mają one szkodliwy wpływ na zdrowie zwierząt, który może objawiać się w bardzo różnej formie. Powodują one także alergie (uczulenia), zmniejszają odporność organizmów, m.in. dlatego, że rozkładają witaminy, a szczególnie witaminę E, oraz enzymy. Grzyby są także niebezpieczne dla producentów pasz i obsługi zwierząt, gdyż wdychane są z pyłem pochodzącym ze zbóż i mieszanek oraz ściółki. Choroby te, zwane mikozami (aspergilozy, fuzariozy czy kandydozy), jeżeli obejmują organy wewnętrzne, są z reguły trudne do zdiagnozowania i leczenia. Na przykład grzybica płuc ma bardzo podobny obraz rentgenowski, co zmiany gruźlicze. Leczenie tych dwóch chorób jest oczywiście całkowicie różne.

Mikotoksyny mogą być spożywane przez ludzi w różnych produktach. Stwierdzono je w mięsie, mleku, piwie, kawie oraz w wyrobach piekarniczych. Trzeba bowiem zaznaczyć, że niektóre mikotoksyny są bardzo odporne na wysoką temperaturę i były jeszcze obecne w próbkach poddanych temperaturze 250 st.C.

Najgroźniejsze mikotoksyny

Zearalenony. Jest to grupa siedmiu pochodnych toksyn, spośród których zearalenon (ZEN lub ZEA) i zearalenol występują powszechnie. Mikotoksyny te działają estrogennie, co oznacza, że działają jak hormony rozrodcze. Wytwarzają je grzyby z rodzaju Fusarium, które atakują ziarna zbóż już w okresie wegetacji. Po mokrych żniwach mogą szybko rozmnażać się nawet w niskich temperaturach. Barwią ziarno na kolor   różowy, który najlepiej jest widoczny na kolbach kukurydzy. Z badań przeprowadzonych na Uniwersytecie Warmińsko-Mazurskim w Olsztynie wynika, że ZEN może powodować objawy ciągłej rui nawet u niedojrzałych płciowo loszek w wieku 60 dni.