Biorąc pod uwagę, że różne metody pobierania próbek i interpretacji badań analitycznych mogą doprowadzić do rozbieżnych wyników, przygotowywane rozporządzenie przewiduje także wprowadzenie jednolitych zasad pobierania i badania próbek produktów rolnych zawierających śladowe ilości materiału genetycznie zmodyfikowanego.

Fakt, że Komisja nie uwzględniła wspólnego apelu przemysłu paszowego i spożywczego do przyjęcia rozwiązania mającego zastosowanie zarówno do produktów paszowych jak i żywności, jest bardzo rozczarowujący.

Oddzielne przepisy dla pasz i żywności spowodują, że firmy łańcucha spożywczego pozostaną dalej w obliczu kryzysu grożącego poważnymi zakłóceniami wymiany handlowej w przypadku stwierdzenia nawet najmniejszych ilości niezautoryzowanych GMO w partii importowanego surowca. Należy przy tym podkreślić, że niezależnie od podejmowanych środków ostrożności, niemożliwe jest zagwarantowanie nieobecności nawet śladowych ilości przypadkowych zanieczyszczeń.

Ponadto, zniesienie polityki zerowej tolerancji tylko w odniesieniu do pasz nie uwzględnia praktyki rynku towarowego. Zarówno przemysł paszowy jak i spożywczy są zależne w znacznym stopniu od importowanych surowców rolniczych. Wynika stąd przekonanie, że w przypadku zaistnienia trudności w zaopatrywaniu się w te surowce wspomniane przemysły będą narażone na ponoszenie znacznych kosztów, co nie pozostanie bez wpływu na ich rentowność.

Projekt Komisji stanowiący rozwiązanie tylko w kwestii pasz:
• pomija rzeczywistość gospodarczą oraz fakt, że łańcuch żywnościowy i paszowy stanowią jedną całość i są całkowicie ze sobą powiązane pod względem zaopatrzenia surowcowego,
• może spowodować utrudnienia w imporcie produktów rolniczych, których dostawy konieczne są do uzupełnienia unijnej podaży, a które wykorzystywane są zarówno w produkcji żywności jak i pasz,
• może osłabić w perspektywie średnioterminowej rentowność europejskich zakładów przetwórczych, zmuszając je do znacznego zmniejszenia lub nawet zaprzestania działalności z powodu niewystarczającej ilości czy wręcz braku bezpiecznego surowca do produkcji artykułów spożywczych. Z pewnością sytuacja taka może zagrozić nawet stanowiskom pracy i doprowadzić do wzrostu bezrobocia.
• będzie wyraźnie dyskryminować przedsiębiorców łańcucha żywnościowego w porównaniu do paszowego. Projekt regulacji unijnej dotyczący tylko pasz wyklucza żywności z formalnego utworzenia naukowych najlepszych praktyk dotyczących interpretacji badań i pobierania próbek zawierających śladowe ilości transgenetycznego materiału.