Realizacja programu zwalczania choroby Aujeszkyego u świń jest procesem trudnym, długotrwałym i kosztownym. W Polsce wszystkie koszty realizacji programu finansowane są z budżetu, a jedynym kosztem, jaki pokrywają rolnicy w ramach jego realizacji, to opłata za świadectwa zdrowia. Zdaniem Tadeusza Jakubowskiego likwidacja świadectw to nie tylko „wyrzucenie pieniędzy w błoto”, ale również narażenie całego programu na komplikacje, gdyż świadectwa pozwalały uszczelnić system obrotu trzody chlewnej w kraju.

Obecność krajowej hodowli trzody chlewnej na rynkach europejskim i światowym zależy w dużym stopniu od realizacji programu zwalczania choroby Aujeszkyego, dlatego wszelkie komplikacje i trudności w tym zakresie mogą odbić się przede wszystkim na hodowcach i producentach.