Podstawowym zabiegiem profilaktycznym służącym zniszczeniu bakterii, larw owadów i pasożytów w budynkach inwentarskich jest dezynfekcja. Zanim przystąpi się do dezynfekcji całego pomieszczenia odkaża się znajdujące się w nim przedmioty, takie jak widły, szczotki, naczynia, wózki, a następnie wynosi się je. Ze stanowisk dla zwierząt usuwa się obornik i składa na pryzmie, aby wysoka temperatura fermentacji zabiła zarazki i larwy. Następnie czyści się całe pomieszczenie, aby później preparat dezynfekcyjny dostał się do wszystkich powierzchni.

Mycie
Pierwszą czynnością przywracania właściwego stanu zoohigienicznego budynków inwentarskich jest mycie. Powinno ono być poprzedzone płukaniem wstępnym, którego celem jest usunięcie z powierzchni osadów słabo związanych z podłożem. Dokładność mycia zależy od preparatów chemicznych (środków myjących detergentów), temperatury roztworów myjących, i otoczenia oraz od tego, czy czynności te wykonywane są ręcznie, czy przy użyciu urządzeń ciśnieniowych. Zastosowanie detergentów pomaga usunąć złogi mazistych lub zaschniętych zanieczyszczeń. Bakteriobójcze działanie takich środków zmniejsza poziom zarazków i zapobiega przenoszeniu się ich z wodą użytą do mycia.
Dobry środek myjący powinien dobrze zwilżać powierzchnie, mieć zdolności emulgowania tłuszczu i pęcznienia białek, rozpuszczać zanieczyszczenia organiczne, wypłukiwać zanieczyszczenia z zabrudzonej nierównej powierzchni oraz być łatwo usuwalny w czasie płukania.
Ważnym czynnikiem zwiększającym skuteczność mycia jest temperatura roztworów i otoczenia, która wpływa na szybkość reakcji chemicznych. Instrukcje stosowania preparatów myjących podają zakres najskuteczniejszej temperatury. Przy myciu wodą najwyższą skuteczność uzyskuje się w temperaturze 90OC.
Mycie zaczyna się od górnych części ścian w kierunku podłogi. Szczególną uwagę zwraca się na zaschnięty brud, szczeliny, kąty, pęknięcia i inne miejsca, w których gromadzi się brud. W budynkach źle zaprojektowanych i źle utrzymywanych zadanie to jest oczywiście znacznie trudniejsze. Ściany zanieczyszczone w czasie mycia podłogi należy ponownie spłukać. Jeżeli jest to możliwe, wszystkie powierzchnie powinny wyschnąć przed ich dezynfekcją.
Odkażanie
Rodzaj i stężenie preparatów dezynfekcyjnych zależą od rodzaju zwalczanych zarazków. Jeżeli konieczne jest odkażenie pomieszczenia w celu zniszczenia konkretnych zarazków, należy zasięgnąć opinii lekarza weterynarii. Trzeba zastosować środek o szerokim zakresie działania oraz o znanej skuteczności przeciwko wirusom, bakteriom, grzybom, pasożytom i innym drobnoustrojom chorobotwórczym. Należy starannie zwilżyć wszystkie powierzchnie środkiem odkażającym. Tu także trzeba zwracać uwagę na miejsca trudno dostępne. Powierzchnie porowate należy traktować ze szczególną starannością. Najlepiej pokryć je gładkim tworzywem. Ważne jest odpowiednie stężenie zastosowanego środka odkażającego. Konieczne jest przestrzeganie właściwego czasu odkażania i instrukcji producenta w zakresie spłukiwania. Odkażone powierzchnie powinny wyschnąć przed bieleniem, a jeżeli się go nie przewiduje – przed wprowadzeniem zwierząt.
Skuteczność dezynfekcji zależy od wielu czynników, z których najważniejsze to: 
1 właściwości użytego środka dezynfekcyjnego,
2 sposób i solidność wykonania zabiegu,
3 właściwości biologiczne drobnoustrojów,