Dezynfekcja, czyli odkażanie, jest to niszczenie drobnoustrojów chorobotwórczych i ich form przetrwalnikowych środkami fizycznymi i chemicznymi, w celu zapobiegania zakażeniom. Dezynfekcję podejmuje się przede wszystkim w środowisku zewnętrznym bytowania zwierzęcia, a także w stosunku do powłok ciała. Poprzez dezynfekcję niszczymy drobnoustroje chorobotwórcze, niszcząc ich struktury zewnętrzne lub działając na ich metabolizm, niszcząc je od wewnątrz. Jest to skuteczne również dla form przetrwalnikowych. Dezynfekując powierzchnie, niszczymy drogi szerzenia się zakażeń. Rozróżniamy dwa rodzaje dezynfekcji. Jest to dezynfekcja zapobiegawcza i dezynfekcja ogniskowa.

Dezynfekcja zapobiegawcza, jak sama nazwa wskazuje, ma za zadanie zapobieganie zakażeniom i namnażaniu się zarazków, bakterii i grzybów, stąd wykonuje się ją w miejscach narażonych na zakażenie, np. na rusztach, ścianach, najczęściej po wyprowadzeniu zwierząt z budynku, czy w pomieszczeniach po sprzedaży itp.

Dezynfekcja ogniskowa to dezynfekcja stosowana już w momencie wystąpienia zakażenia, np. w trakcie wystąpienia biegunki u prosiąt często zsypujemy kojce suchą dezynfekcją lub spryskujemy ruszta. Środki dezynfekcyjne możemy podzielić na dwa rodzaje: fizyczne i chemiczne. Środkami fizycznymi są: oczyszczanie mechaniczne, działanie wysoką temperaturą, bezpośrednie napromieniowanie słoneczne, napromieniowanie promieniami nadfioletowymi, wysuszanie. Środki chemiczne to różnego rodzaju roztwory i emulsje.

Powierzchnie do dezynfekcji należy zawsze bardzo dokładnie przygotować. Mechanicznie przy użyciu łopaty i miotły oczyszczamy powierzchnię z obornika, a także zamiatamy kurz, czy inne zanieczyszczenia. Oczyścić należy także sufity, otwory wentylacyjne, kratki nawiewowe, kominy itd. Kolejnym etapem przygotowującym pomieszczenie do dezynfekcji jest jego namaczanie i mycie, oczywiście z użyciem środków zwilżających i detergentów. Zastosowanie ich zwiększa efektywność mycia, skraca jego czas, a także zmniejsza zużycie wody.

Jak możemy zauważyć w przedstawionej tabeli 1., zastosowanie namaczania i detergentu znacznie skraca czas potrzebny do umycia powierzchni, a dokładając do tego gorącą wodę, czas mycia skracamy o połowę. Daje nam to wymierne oszczędności wody, energii, a także pośrednio zmniejsza produkcję gnojowicy.