Zaawansowane metody analityczne określania ilości i rodzaju mikotoksyn w próbach, obejmują zastosowanie chromatografii cienkowarstwowej lub technik ELISA. Bardziej kosztownymi metodami są chromatografia gazowa, spektrometria masowa, czy wysokosprawna chromatografia gazowa. W polskich warunkach cena analizy jednej próbki pod kątem jednej mikotoksyny mieści się w przedziale od około 200 do 300 zł.

Jednak istnieje jeszcze jeden ciekawy sposób wykrywania jakościowego mikotoksyn w paszach, na który warto zwrócić uwagę.

Istnieją zestawy szybkich testów domowych, możliwe do wykonania w ciągu zaledwie 3 minut. Takie zestawy są produkowane przez kilka amerykańskich firm i cieszą się dużą popularnością w USA i w Brazylii.

Jeden zestaw zawiera 25 możliwych do wykorzystania prób. Test wykrywa jedną z mikotoksyn w zależności od tego jaki test kupimy i co chcemy oznaczyć. Wystarczy jedynie przygotować próbkę paszy lub zboża, rozrobić z wodą i po trzech minutach można przejść do testu paskowego.

Na paskach służących do oznaczenia znajdują się opatentowane przeciwciała wychwytujące mikotoksyny jeśli te znajdą się w badanej próbce. W zależności od tego ile linii pojawi się na pasku możemy się dowiedzieć, czy dana miko toksyna występuje w naszym zbożu lub w paszy.

Testy są w stanie oznaczyć skażenie próbki mikotoksyną od poziomu 1 ppm. Czy ten poziom identyfikacji jest wystarczający? Odpowiedź jest różna w zależności od tego jakimi zaleceniami będziemy się sugerować.

Zalecenia amerykańskie, (tam gdzie testy cieszą się największą popularnością), mówią o tym, że w przypadku trzody chlewnej producent powinien podjąć działania interwencyjne, gdy skażenie paszy dla świń mikotoksynami jest większe niż 5 ppm.  

Z kolei wiele aktualnych badań naukowców wskazuje na to, że mikotoksyny mogą stwarzać poważne zagrożenie dla zdrowia świń, czyli obniżać wyniki produkcyjne w sekcji rozrodu i tuczu, już od poziomów: dla aflatoksyny i ochratoksyny 0,05 ppb, z kolei dla zearalenononu, fumonizyny i trichotecenów od 0,2 ppm zawartości w paszy.