Znaczna część środków, w wysokości 65 mln euro, zostanie przeznaczona na finansowanie programów walki z gruźlicą bydła w pięciu krajach Wspólnoty. Ze względu na pozytywny trend w zwalczaniu pasażowalnych encefalopatii gąbczastych (TSE), środki przeznaczone na walkę z gąbczastą encefalopatią bydła (BSE) oraz trzęsawką owiec zmniejszono o ponad 35proc. do 54 mln euro.

W 2012 roku Unia utrzyma 75% poziom współfinansowania walki z wścieklizną. Polepsza się sytuacja w zwalczaniu tzw. choroby niebieskiego języka. Kraje Unii wprowadziły już zmiany dotyczące zniesienia obowiązkowych szczepień przeciw tej chorobie na rzecz dobrowolnego zaszczepiania zwierząt.

Na walkę z klasycznym pomorem świń przeznaczono 3,7 mln euro, natomiast na zwalczanie ptasiej grypy u drobiu i dzikich ptaków 2,3 mln euro. Ponadto kraje Unii przeznaczą 16 mln euro na walkę z chorobami odzwierzęcymi (zoonozami), takimi jak salmonelloza u kur hodowlanych i niosek, a także brojlerów i indyków.