W pierwszym przypadku chodzi o wybór optymalnej odmiany, ponieważ kukurydza przeznaczona do żywienia bydła musi charakteryzować się wyższym udziałem skrobi, a kukurydza do produkcji metanu - wyższym udziałem polisacharydów strukturalnych, tj. celulozy i pektyn.

W przypadku kukurydzy zakiszanej na biogaz proces fermentacji należy prowadzić w kierunku fermentacji octowej lub ewentualnie propandiolowej, z których produkowany jest metan. Kukurydza zakiszana z przeznaczeniem na kiszonkę musi charakteryzować się wyższą zdolnością trawienia, na którą częściowo ma wpływ stosowanie homofermentacyjnych bakterii mlekowych.

STEROWANIE I UKIERUNKOWANIE PROCESU FERMENTACJI PRZY POMOCY BAKTERII MLEKOWYCH
Większość fachowych publikacji jest zgodna odnośnie uzasadnionego stosowania dodatków mikrobiologicznych do zakiszania kukurydzy. Konieczne jest uświadomienie sobie faktu, że razem z magazynowaną kukurydzą oprócz bakterii dodanych w inokulancie znajdują się bakterie mikroflory epifitycznej, wytwarzające często szkodliwe metabolity zarówno podczas skarmiania jak i podczas produkcji biogazów. Wśród niektórych rolników panuje przekonanie, że kiszonka z kukurydzy zakisza się również bez dodatku biostymulatorów. Jednak w takiej kiszonce straty energii i masy organicznej są znaczne. Strat tych nikt niestety nie obserwuje. A to poważny błąd.

Jaka „siła” bakterii jest w stanie wpłynąć na kierunek zakiszania?
Otóż potrzebna minimalna ilość, która potrafi sterować fermentacją wynosi około 100 000 (1 x 105) jtk. (jednostek tworzących kolonie) bakterii mlecznych na 1 g kiszonej masy. Bakterie kwasu mlekowego mają jednak optymalną wydajność jeżeli temperatura nie przekroczy 35°C. Na pierwszy rzut oka jest to warunek do spełnienia przy kiszeniu kukurydzy, ale trzeba sobie uświadomić, że chodzi tu również o temperaturę roztworu wodnego bakterii. Jeżeli zbiornik z roztworem inokulantu jest umieszczony w pobliżu silnika maszyny zbierającej, ta temperatura zostanie na pewno przekroczona. Również w sytuacji, gdy od samego początku nie wystąpi natychmiastowe intensywne ugniatanie biomasy może dojść do podwyższenia temperatury poprzez rozwój bakterii z rodzaju Bacillus (acetobacter). Takie sytuacje doprowadzają do dezaktywacji bakterii kwasu mlekowego. Z drugiej strony może wystąpić podczas zakiszania kukurydzy zbyt niska temperatura, która nie sprzyja rozwojowi bakterii kwasu mlekowego. Pomimo, że podczas rozkładu substancji organicznej w procesie zakiszania dojdzie do stopniowego wzrostu temperatury i bakterie mlekowe zaczną ponownie aktywnie pracować, występuje tu określone opóźnienie, któremu mogą towarzyszyć znaczne straty fermentacyjne. Oprócz tego przechłodzoną (zamarzniętą) kiszonką kukurydzianą nie powinno się żywić bydła, gdyż występują tam mikroorganizmy epifityczne mogące wywołać zaburzenia w żwaczu (kwasicę).