Dlatego też przed rozpoczęciem tak kosztownej inwestycji należy przemyśleć wszystkie aspekty projektu. Wśród tych czynników znajdują się m.in.: warunki ekonomiczne, możliwość uzyskania dotacji, jakość dostępność i ilość surowca wejściowego wynikające z tego technologie i możliwości eksploatacyjne związane ze zbytem produktu końcowego czyli biogazu na który składa się energia elektryczna, cieplna oraz produkt uboczny czyli nawóz naturalny. Powodzenie inwestycji zależy od uzyskania funduszy, dlatego trzeba starać się o jak największe dotacje krajowych jak i unijnych oraz kredytów preferencyjnych na ten cel. Na kapitał inwestycyjny składa się: kapitał własny spółki pochodzący ze środków własnych lub inwestora zewnętrznego od 15 do 25 proc. Największą część stanowią tutaj dotacje z których można uzyskać od 30 nawet do 70 proc. kosztów całej inwestycji. Pozostałą część można pokryć dzięki uzyskaniu pożyczek lub kredytów preferencyjnych. Biogazownia w wysokosprawnej kogeneracji polega na skojarzonej produkcji ciepła i mocy (Combined Heat and Power - CHP) przekształca gaz w energię elektryczną, ciepło i/lub chłodzenie w trakcie pojedynczego procesu w miejscu użytkowania. Kogeneracja jest procesem wysoce energooszczędnym, a także, zaopatrując w energię firmy, przynoszącym liczne korzyści finansowe i środowiskowe.  

Do finansowych korzyści możemy zaliczyć: uniknięcie zakupu energii na własne potrzeby, sprzedaż wyprodukowanej energii elektrycznej i cieplnej, oprócz regularnego wynagrodzenia za sprzedaną energię otrzymuje się również świadectwa pochodzenia  czyli tzw. certyfikaty. System świadectw pochodzenia premiuje dodatkowo producentów energii wytworzonej w kogeneracji. Oprócz regularnej zapłaty za wyprodukowaną energię, a także zielonego certyfikatu, mogą oni otrzymać dodatkowo żółte, czerwone lub fioletowe certyfikaty. Podstawą do wyznaczenia opłaty zastępczej zielonego certyfikatu jest kwota 240 zł/MWh która co roku podnosi się adekwatnie do wzrostu wskaźnika inflacji. W 2010 roku kwota ta wynosiła 267,95 za każdą wyprodukowaną z OZE megawatogodzinę energii elektrycznej. Żółtymi certyfikatami mogą być wynagradzani operatorzy jednostek kogeneracji o łącznej mocy nie przekraczającej 1MWe. Kwota ta wynosiła w 2010 roku 128,8 zł/MWh. Certyfikaty czerwone i fioletowe trudniej uzyskać gdyż czerwone są zarezerwowane dla dużych producentów - biogazowni o mocy przekraczającej 1 MW. Z kolei fioletowe certyfikaty uzyskują producenci energii których jednostki są opalane metanem pozyskiwanym w kopalniach lub biogazem. Do dodatkowych przychodów oprócz sprzedaży energii cieplnej i elektrycznej, a także uzyskania certyfikatów, właściciel biogazowni otrzymuje również przychody ze sprzedaży wytworzonego nawozu. Nawóz wytworzony w biogazowniach jest bogaty w łatwo dostępny azot dla roślin, dlatego cieszy się dużym zainteresowaniem rolników.

Przy rozpoczynaniu inwestycji  największe koszty generują budynki i budowle stanowią 70 proc. kosztów. Pozostałą część stanowią maszyny i urządzenia. W zależności od planowanej wydajności biogazowni koszty mogą rosnąc lub maleć. Przy decydowaniu się na postawienie rolniczej biogazowni należy dobrać odpowiednią wielkość mocy obiektu. Dla środowisk rolniczych nieopłacalne jest inwestowanie w duże obiekty np. o mocy 2MW gdyż mogą wystąpić problemy z odprowadzeniem energii cieplnej, czasami również nie ma fizycznych możliwości aby zapewnić dobrą rentowność takiej biogazowni. Natomiast warto zastanowić nad obiektami o mocy 600 kW lub 2 x 300 kW wówczas produkcja energii na własne potrzeby i do sprzedaży będzie najbardziej optymalna, ponieważ nie będą występowały problemy z zagospodarowaniem wytworzonej energii. Jednak jeżeli mamy gwarantowany dobry dostęp do surowców, które będą wykorzystywane w obiekcie spokojnie można zainwestować w biogazownię o mocy 1 MW.

Mimo tego, że biogazownie to bardzo kosztowne inwestycje to już w pierwszym roku prowadzenia działalności możemy liczyć na znaczący zwrot kosztów. Przy założeniu wariantu podstawowego dla biogazowni o mocy 1MW: substratami wykorzystywanymi są gnojowica i kiszonka kukurydziana, 75 proc energii cieplnej jest sprzedawane oraz realizowane są przez właścicieli certyfikaty żółte i zielone - możemy prognozować przewidywane koszty i zyski. Najtrudniejszy dla inwestora jest pierwszy rok rozpoczęcia działalności. Jednak z każdym rokiem zysk netto regularnie rośnie i jest gwarantowany ponieważ energia ze źródeł odnawialnych musi być w pierwszej kolejności skupowana przez Państwo dlatego po otworzeniu biogazowni nie ma problemu ze zbytem energii.

Budowa biogazowni rolniczej, a inwestycja zwraca się w okresie od 5 do 9 lat użytkowania obiektu. Warto także zaznaczyć, że jest to efektywne i proekologiczne wykorzystanie odpadów z produkcji rolnej i przetwórczej, które pozytywnie wpływa na środowisko. Co więcej budowa takiego zakładu na terenie gminy może zaktywizować rolników, a także wpłynąć na modernizację polskiego rolnictwa.