Udział źródeł odnawialnych w sektorze transportu powinien wynosić, co najmniej 14 proc. Wraz z rozwojem źródeł energii alternatywnych dla ropy naftowej, biopaliwa mają odgrywać mniejszą rolę. Udział biopaliw roślinnych w 2020 r. do 7 proc. powinien być utrzymany w kolejnych latach do 2030 r.

Przede wszystkim państwa członkowskie UE zobowiązały się do ochrony istniejących inwestycji w biodiesel i bioetanol. Jednakże pojazdy elektryczne i biopaliwa drugiej generacji będą znacznie bardziej wspomagane w przyszłości (z odpadów i materiałów resztkowych). Biopaliwa drugiej generacji będą liczone podwójnie i powinny osiągnąć średni udział rzędu 3,5 proc. do 2030 r. Oczekuje się, że zużycie energii elektrycznej dla pojazdów elektrycznych będzie liczone czterokrotnie, dla pociągów 1,5 razy, samolotów i statków z alternatywnym napędem 1,2 razy. Udział oleju palmowego w produkcji biopaliw ma być zmniejszany stopniowo od 2019 roku aż do rezygnacji ze stosowania w 2030 r.