Podczas II czytanie projektu w Sejmie klub Koalicji Obywatelskiej zgłosił do niego poprawki. Jak tłumaczył poseł Piotr Borys, wynikają one z potrzeb Polskiego Związku Hodowców Koni, który od 20 lat prowadzi rejestr tych zwierząt. Chodzi o wydłużenie z 7 do 30 dni terminu na przekazanie dokumentów identyfikacyjnych koni oraz o wydłużenie do 90 dni vacatio legis, które pozwolą na dostosowanie baz danych.

Poprawki te zgłaszane były już podczas prac nad projektem w komisji rolnictwa i zostały odrzucone.

Rządowy projekt ustawy o systemie identyfikacji i rejestracji zwierząt wdraża unijne przepisy w tym zakresie; zapewnia jednolite funkcjonowanie systemu identyfikacji i rejestracji zwierząt jako istotnego ogniwa zwalczania chorób zakaźnych. Zastąpi on dotychczas obowiązującą ustawę z 2 kwietnia 2004 r.

Projekt wprowadza zmiany dotyczące organizacji i zakresu systemu identyfikacji i rejestracji zwierząt. Rejestr zwierząt koniowatych przejmie Agencja Restrukturyzacji i Modernizacji Rolnictwa. Wydawanie dokumentów dotyczących rejestracji koni poszczególnych ras pozostanie w kompetencjach związków hodowców koniowatych (Polskiego Związku Hodowców Koni). Związki te będą przekazywały dane o dokumentach identyfikacyjnych bezpośrednio do komputerowej bazy danych prowadzonej przez agencję. Ponadto, w odniesieniu do koniowatych wprowadzony, zostanie obowiązek rejestracji przez posiadaczy i właścicieli koniowatych siedzib stad oraz obowiązek rejestracji zgłoszeń zdarzeń dotyczących tych zwierząt.

Przepisy zakładają też obowiązkową rejestrację zwierząt jeleniowatych i wielbłądowatych na takich samych zasadach, jak innych zwierząt obecnie rejestrowanych - takich jak bydło, owce, kozy i świnie. Ponadto, projektowana ustawa wprowadza rejestr zakładów drobiu.

Projekt przewiduje cyfryzację procedury dokonywania zgłoszeń, zdarzeń dotyczących zwierząt przez posiadaczy zwierząt. Paszporty dla bydła nie będą już wykorzystywane w obrocie krajowym, tylko podczas przemieszczania bydła do państw UE. Posiadacze zwierząt uzyskają także dostęp do nowych środków identyfikacji, takich jak zwykła opaska np. na pęcinę, kolczyk elektroniczny czy kapsuła elektroniczna.

Po wejściu w życie ustawy będzie obowiązywał jeden system rejestracji zwierząt prowadzony przez ARiMR, a dane o zwierzętach będą przekazywane drogą elektroniczną.