Narzędzia te stosowane na poziomie państw członkowskich będą obejmować też w znacznym stopniu współpracę transgraniczną między krajami.

Tak zwany "dokument towarzyszący" jest jednym z głównych narzędzi wprowadzonych przez nowe przepisy, które zapewnią identyfikowalność win. Przesyłki produktów winiarskich będą musiały być zaopatrzone w dokument towarzyszącego dla wszystkich operacji transportowych, zarówno w zakresie podatku akcyzowego, jak i w celu sprawdzenia ich zgodności z przepisami UE. Dokument ten może również służyć do poświadczenia pochodzenia, właściwości, rocznika lub odmiany winorośli, a także jej statusu, jako chronionej nazwy pochodzenia lub chronionego oznaczenia geograficznego.

Rejestr zawierający informację o wprowadzeniu i wycofaniu każdej partii produktów winiarskich powinien być prowadzony przez osoby fizyczne lub przedsiębiorstwa posiadające produkty winiarskie do celów handlowych. Rejestr ten musi również zawierać rodzaj produkowanych win i informacje na temat różnych części procesu produkcji wina.

Kolejną ważną nowością zawartą w regulacjach jest wprowadzenie certyfikatu eksportowego wina. Jest to certyfikat uniwersalny, który można wykorzystać, jako świadectwo pochodzenia, zdrowia i autentyczności. Będzie również używany na przykład do dzielenia się konkretnymi informacjami na temat wina, takimi jak rejestracja, jako chroniona nazwa pochodzenia lub chronione oznaczenie geograficzne, rocznik wina lub jego odmiana winorośli. Będzie również zawierać odniesienie do dokumentu towarzyszącego winu.

Przesunięcie w kierunku certyfikatów elektronicznych jest również określone w rozporządzeniach, w celu zakończenia procedur papierowych i przeniesienia ich całkowicie do systemów elektronicznych do końca 2020 r. Dotyczy to "dokumentu towarzyszącego" i certyfikatu eksportowego dla wszystkich państw członkowskich .

Przepisy te poprawiają przejrzystość i spójność obecnego prawodawstwa i łączą w jednym pakiecie legislacyjnym przepisy dotyczące rejestru winnic, dokumentów towarzyszących, certyfikacji produktów winiarskich, przywozu, rejestrów prowadzonych przez podmioty gospodarcze, deklaracji produkcji i zapasów, a także zezwoleń na nasadzenia winorośli.