Obawy budzi przesunięcie znacznej części dotychczasowych obowiązków z administracji rządowej na administrację samorządową, zwłaszcza na gminy - w kontekście braku środków na prowadzenie gospodarowania wodami zgodnego z Dyrektywą Wodną i Dyrektywą Powodziową. Przyjęty kierunek zmian o charakterze porządkującym dotychczasowy bałagań kompetencyjny KRIR ocenia pozytywnie.

Proponowane zmiany gospodarki finansowej, według samorządu rolniczego, nie rozwiążą problemu niedofinansowania gospodarki wodnej, co już widać w trakcie trwających prac nad tworzenie Planów Zarządzania Ryzykiem Powodziowym. Wdrożenie unijnych zasad opłat za pobór wód i może rozwiązać problem bieżącej eksploatacji urządzeń wodnych, ale już nie zadań inwestycyjnych. Dla rolników polskich nowe prawo wodne będzie oznaczało w wielu przypadkach wprowadzenie aż 2 opłat - za pobór wody i z tytułu utrzymania urządzeń melioracji szczegółowych, przy czym dla dokładnej oceny skutków tych opłat konieczne jest przedstawienie projektów odpowiednich rozporządzeń wykonawczych, czego brakuje w projekcie, co nie jest zgodnie z zasadami techniki legislacyjnej. W aktualnych i spodziewanych w najbliższej przyszłości warunkach ekonomicznych wprowadzenie tych opłat szczególnie zagrozi uprawom warzywniczym i sadowniczym, a ponadto może radykalnie zmniejszyć hodowlę ryb stawowych.

Zwiększenie liczby cieków przypisanych marszałkowi województwa następuje bez gwarancji zapewnienia właściwego poziomu finansowania.
Umożliwienie partycypacji budżetów gminnych w inwestycjach prowadzonych na wodach Skarbu Państwa w kosztach utrzymania tych wód to zmiana generalnie w dobrym kierunku, ale równocześnie umożliwi to przerzucania na gminy nowych zadań, zwłaszcza po wystąpieniu klęsk powodziowych.

Nadanie samorządowi gminnemu (wójtowi) utrzymania melioracji szczegółowych i utrzymanie rowów odwadniających na terenach zurbanizowanych jest zmianą w słusznym kierunku, jednak mechanizm nakładania opłat na właścicieli według kryterium odnoszonych korzyści jest mało precyzyjny, za to represyjny.

Dobrze, że założono powierzanie przez gminę spółkom istniejącym zadań z zakresu melioracji, jednak zapisy w tym względzie są nieprecyzyjne, co mimo wszystko może prowadzić do stopniowej eliminacji spółek wodnych poprzez zlecenia na rzecz innych podmiotów.
Mechanizm poboru opłat od właścicieli gruntów na rzecz utrzymania urządzeń melioracji szczegółowych wymaga doprecyzowania w przepisach rozporządzenia, tak, aby w całym kraju stosować jednolite kryteria. Niektóre gminy mogą ściągać nadmierne opłaty, zwłaszcza w okresie początkowym działania nowych przepisów i „nadrabiania" kilkudziesięcioletnich zaległości w utrzymaniu urządzeń melioracyjnych. 5 letni okres przejściowy na finansowani spółek wodnych ze SP wydaje się zbyt krótki, w sytuacji wieloletnich zaniedbań.

Przeniesienie nadzoru nad spółkami wodnymi i wałowymi na wójta nie jest dobrym rozwiązaniem ze względu na możliwość wystąpienia konfliktu interesów w gminach z aktywnymi spółkami wodnymi w związku ze zlecaniem przez wójta zadań spółce.
Proponowane rozwiązania są jednak zagrożeniem dla dalszego funkcjonowania spółek wodnych dobrze wykonujących swoje zadania.
Rezygnacja z możliwości wsparcia przez gminę (pomoc finansowa) spółki wodnej jest niekorzystna, zwłaszcza na terenach, gdzie zaniedbania wieloletnie w utrzymaniu urządzeń, będą wymuszać nakładanie na właścicieli nadmiernych opłat eksploatacyjnych w celu realizacji ukrytych potrzeb o charakterze inwestycyjnym.

Samorząd rolniczy zgłosił szczegółowe uwagi do projektu ustawy.