W naszych glebach w sposób naturalny nie występują bakterie brodawkowe Bradyrhizobium japonicum, z którymi soja żyje w symbiozie i dzięki temu może wiązać wolny azot z powietrza. Szczepienie nasion soi przed siewem bakteriami symbiotycznymi właściwymi dla tego gatunku trzeba uznać za obligatoryjne.

Nie powinno rezygnować się ze szczepienia nasion soi nawet gdy ten gatunek był już uprawiany na danym stanowisku. Wg doniesień naukowców w naszych warunkach obecne w glebie szczepy są najczęściej słabo wirulentne lub nieefektywne. Brodawki korzeniowe wytworzone z ich udziałem wiążą azot w ilościach znacznie niższych, niż potrzeba soi do prawidłowego rozwoju.

Stosowania szczepionek bakteryjnych jest zatem konieczne. Szczepienie nasion odpowiednimi bakteriami zapewnia właściwy przebieg symbiozy i przyspiesza okres tworzenia się brodawek korzeniowych.

Preparaty szczepionkowe zazwyczaj oferowane są w postaci stałej, gdzie nośnikami bakterii symbiotycznych jest najczęściej drobno zmielony torf lub węgiel brunatny. Na rynku dla soi dostępne są szczepionki np.: HiStick, Nitragina, Nitroflora.

Producent zawsze podaje dokładną metodę stosowania szczepionki, do której należy się stosować. Na ogół zaleca 1,5-2 opakowań produktu na ha. Szczepienie może być na sucho lub na mokro, wówczas najczęściej w odpowiednich porcjach, łączy się preparat z czystą wodą, ogrzaną do temperatury otoczenia i miesza do uzyskania konsystencji śmietany. Tak przygotowaną substancję nakłada się na nasiona.

Przy samodzielnym szczepieniu nasion w gospodarstwie do zabiegu można wykorzystać betoniarkę lub zaprawiarkę (uprzednio dokładnie oczyszczoną) i wymieszać przygotowaną szczepionkę z nasionami. Przyklejanie się szczepionki do nasion można zwiększyć poprzez dodanie do wody cukru, w ilości 10 dkg/l wody (1 kg/10 l).

Zabieg szczepienia, należy przeprowadzać w miejscu zacienionym, nie w pełnym słońcu, ponieważ pod wpływem promieni słonecznych bakterie giną. Szczepienie nasion powinno przeprowadzać się do 2 dni przed zaplanowanym siewem i nie należy tego zabiegu łączyć z fungicydem.

Kiedy nasiona soi są zaszczepione, temperatura gleby na głębokości 2-4 cm ogrzeje się do 8°C można przystąpić do siewu. Jeśli nasiona nie zostaną wysiane w ciągu 24 godzin po zabiegu, należy zaszczepić je ponownie.