Soja jest wrażliwa na zachwaszczenie. Newralgicznym okresem, kiedy chwasty stanowią wysokie zagrożenie dla uprawy i mogą spowodować znaczny spadek plonu, są pierwsze 3-4 tygodnie po wschodach. W tym czasie rośnie bardzo wolno, dlatego konieczne jest wykonanie chemicznego zabiegu odchwaszczającego.

Zarejestrowane do powschodowego odchwaszczania soi środki, to głównie graminicydy jak np. Achiba 05 EC, Elegant 05 EC, Frequent, Focus Ultra 100 EC, zwalczające jednoroczne i wieloletnie chwasty jednoliścienne. Oprysk jednym z nich można przeprowadzić po osiągnięciu przez soję fazy pierwszej pary liści właściwych (BBCH>12).

Do zwalczania chwastów dwuliściennych w uprawie soi zarejestrowany jest herbicyd Corum 502,4 SL. Można go stosować gdy roślina uprawna osiągnie fazę rozwiniętego liścia trójlistkowego na drugim węźle (BBCH 12-25) w dawce 1,25 l/ha. Środek ten opiera się na dwóch substancjach czynnych: bentazonie + imazamoksie. Eliminuje szeroką grupę chwastów w tym m.in.: bodziszka drobnego, gwiazdnicę pospolitą, jasnotę purpurową, jasnotę różową, komosę białą, przetacznik bluszczykowy, przetacznik polny, samosiewy rzepaku, tasznika pospolitego, żółtlicę drobnokwiatową.