Warunkiem symbiozy jest obecność bakterii Bradyrhizobium japonicum, które w naturalnych warunkach w naszych glebach nie występują i dlatego nasiona soi trzeba szczepić preparatem bakteryjnym. Nie powinno rezygnować się ze szczepienia nasion, nawet gdy soja wcześniej była uprawiana na tym samym stanowisku i można liczyć na pewną obecność bakterii. Wg doniesień naukowców w naszych warunkach obecne w glebie szczepy są najczęściej słabo wirulentne lub nieefektywne. Brodawki korzeniowe wytworzone z ich udziałem wiążą azot w ilościach znacznie niższych, niż potrzeba soi do prawidłowego rozwoju.

Stosowanie materiału siewnego dobrej jakości i zaszczepionego odpowiednim preparatem pozwala na liczne brodawkowanie i tym samym lepsze zaopatrywanie się roślin w azot. Dla soi dostępne są na rynku szczepionki np.: HiStick, Nitragina, Nitroflora.

Producent w instrukcji podaje dokładną metodę stosowania szczepionki. Na ogół zaleca 1,5-2 opakowań produktu na ha. Szczepienie może być na sucho lub na mokro. Wówczas najczęściej w odpowiednich porcjach, łączy się preparat z czystą wodą, ogrzaną do temperatury otoczenia i miesza do uzyskania konsystencji śmietany. Tak przygotowaną substancję nakłada się na nasiona.

Przy samodzielnym szczepieniu nasion w gospodarstwie do zabiegu można wykorzystać betoniarkę lub zaprawiarkę (uprzednio dokładnie oczyszczoną) i wymieszać przygotowaną szczepionkę z nasionami. Przyklejanie się szczepionki do nasion można zwiększyć poprzez dodanie do wody cukru, w ilości 10 dkg/l wody (1 kg/10 l).

Zabieg szczepienia, należy przeprowadzać w miejscu zacienionym, nie w pełnym słońcu, ponieważ pod wpływem promieni słonecznych bakterie giną. Szczepienie nasion powinno przeprowadzać się do 2 dni przed zaplanowanym siewem i nie należy tego zabiegu łączyć z fungicydem.

Kiedy nasiona soi są zaszczepione, temperatura gleby na głębokości 2-4 cm ogrzeje się do 8°C można przystąpić do siewu. Jeśli nasiona nie zostaną wysiane w ciągu 24 godzin po zabiegu, należy zaszczepić je ponownie.