Problem między innymi tkwi w niskiej opłacalności produkcji. Zazwyczaj w latach suchych plon nasion jest niezadawalający, natomiast w latach mokrych problemem stają się choroby.

Z racji tego, że strączkowe są jeszcze uznawane za uprawy małoobszarowe aktualnie dużą barierą w prowadzeniu tych upraw jest ograniczona liczba pestycydów. Wynika to między innymi z tego, że producenci środków ochrony roślin nie chcą bowiem inwestować ogromnych pieniędzy w rejestracje, które według nich się im nie zwrócą.

Aktualnie zarejestrowany w łubinie jest tylko jeden herbicyd Afalon Dyspersyjny 450 SC na bazie linuronu. Niestety nie ma żadnego dostępnego herbicydu, który można by było stosować powschodowo. Można jeszcze stosować Reglone 200 SL oraz Plantes 200SL, lecz są one raczej zalecane jako desykanty w przypadku nierównomiernego dojrzewania strąków. Jeśli chodzi o fungicydy to ochraniać łubiny póki co można jedynie poprzez zaprawianie nasion przy użyciu preparatu Vitavax 200 FS.

Z obserwacji wynika, że łubin jest porażany przez różne patogeny chorobotwórcze, które mogą w zależności od warunków panujących w danym roku istotnie zmniejszać plon nasion.

Szczególnie niebezpiecznym sprawcom jest antraknoza, która może rozprzestrzeniać się bardzo szybko w łanie łubinu. Różne gatunki i odmiany odznaczają się różną wrażliwością na porażenie przez ten patogen. Objawy chorobowe uwidaczniają się najczęściej w początkowym okresie kwitnienia, ale w niektórych latach sprzyjających rozwojowi grzyba mogą wystąpić już w fazie siewki.

Zainfekowane rośliny mają wygląd więdnących, a ich kwiatostany charakterystycznie zwisają. Na porażonych częściach roślin pojawiają się eliptyczne, wydłużone, łososiowe plamy z brunatnym obrzeżem. W miejscu plam tkanki pojawia się nekroza, która powoduje załamywanie się łodyg. Choroba może porażać nie tylko łodygi, ale także inne organy roślin jak liście, strąki oraz nasiona.

Troszkę lepiej jest w uprawie bobiku. Zarejestrowanych jest obecnie 13 herbicydów (w tym również desykanty), oraz 6 insektycydów. Jeśli chodzi o fungicydy dostępny jest tylko jeden preparat Rovral Aquaflo 500 SC. To zbyt mało by prowadzić skuteczną walkę z chorobami w tej uprawie.
Największe zagrożenie dla bobiku stanowi czekoladowa plamistość oraz askochytoza, w mniejszym stopniu znaczenie odgrywa rdza bobiku.

Askochytoza poraża głównie liście. Pojawiają się brunatne plamy o średnicy około 1 cm, które są ciemniejsze przy brzegu i jaśniejsze w części środkowej. Liście z dużą liczbą plam zamierają. Grzyb poraża też strąki, łodygi oraz nasiona.

Natomiast czekoladowa plamistość bobiku objawia się licznymi, czekoladowo-brunatnymi plamkami na liściach z szarozieloną lub czerwoną obwódką, o średnicy ok. 0,1-2 mm. Część łodyg zmienia barwę na brunatną. Liście, kwiaty i młode zawiązki wysychają i opadają powodując tym znaczne ubytki w plonie.

Podczas 54 Sesji Naukowej organizowanej co roku przez IOR w Poznaniu kilku naukowców w składzie dr Joanna Horoszkiewicz - Janka, prof. dr hab. Marek Korbas oraz mgr Jakub Danielewicz przedstawiło swoje najnowsze badania nad możliwością ograniczenia sprawców chorób w roślinach strączkowych.

Naukowcy z IOR w Poznaniu szacują, że straty spowodowane przez choroby strączkowych średnio sięgają 15 proc., a w skrajnych przypadkach lokalnie mogą wynosić 70-80 proc. Uprawy te są narażone na infekcję począwszy od kiełkowania (BBCH00), do końca rozwoju strąków (BBCH79). Ryzyko jest tym większe, że obecnie brakuję zarejestrowanych preparatów fungicydowych do ochrony takich plantacji.

W Winnej Górze na polach doświadczalnych IOR-PIB przeprowadzono w latach 2012-2013 ścisłe doświadczenia polowe nad przydatnością niektórych substancji fungicydowych zastosowanych w celu ochrony łubinu wąskolistnego odmiany Parys, łubinu żółtego odmiany Regent oraz odmiany bobiku -Amulet.

Badania w łubinie:

Badane fungicydy stosowano w fazie pierwszych strąków łubinu BBCH 71. Do ochrony plantacji przed antraknozą zastosowano dotychczas niezarejestrowane w uprawie łubinu fungicydy. Trzy tygodnie po wykonaniu oprysku przeprowadzono obserwację porażonych roślin. Uzyskane wyniki przedstawia tabela poniżej:

 Tab. 1. Procent porażonych strąków łubinu przez antraknozę po zastosowaniu badanych fungicydów (na podstawie badań IOR PIB w Poznaniu). 

Brak danych
 

Jak przedstawiają powyższe wyniki większe porażenie antraknozą łubinu obserwowano w roku 2012. Spowodowane to było przede wszystkim silnymi opadami deszczu jakie bywały w roku 2012 na przełomie czerwca i lipca. Łubin żółty (odmiany Regent), ogólnie był silniej porażony przez antraknozę od łubinu wąskolistnego (odmiana Parys). Wszystkie badane fungicydy ograniczały porażenie antraknozą. Najlepsze efekty zanotowano po zastosowaniu preparatu na bazie pikoksystrobiny.

Badania w bobiku:

W doświadczeniu rośliny bobiku potraktowane zostały badanymi fungicydami w fazie gdy pierwsze strąki osiągnęły typową długość, (BBCH 70). Po trzech tygodniach od zastosowanych fungicydów wykonano obserwację roślin. Wyniki jakie uzyskano przedstawiono w tabeli poniżej:

 Tab. 2. Procent porażonej powierzchni liści bobiku przez sprawcę askochytozy oraz czekoladowej plamistości bobiku (na podstawie badań IOR PIB w Poznaniu).
Brak danych

 Również w bobiku silniejsze porażenie obserwowano w roku 2012. Zastosowanie substancji aktywnej mankozeb, istotnie ograniczało występowanie askochytozy bobiku na liściach, natomiast najbardziej widoczne zmniejszenie porażenia przez sprawców czekoladowej plamistości uzyskano po aplikacji preparatów z tebukonazolem.

Badane fungicydy stosowane były w stosunkowo późnych dla wzrostu i rozwoju roślin fazach. Na pewno rozważyć powinno się wcześniejsze terminy zastosowania badanych preparatów w celu uzyskania jeszcze lepszych efektów.

Powyższe badania dowodzą, że na rynku jest dostępnych wiele preparatów, których substancje czynne ograniczają porażenie roślin strączkowych patogenami chorobotwórczymi.

 W teorii są i dają jakiś efekt, a w praktyce stosować ich nie wolno, gdyż nie są zarejestrowane w tej uprawie. Nie pozwalają na to poszczególne przepisy i regulację. Ich użycie naraża rolnika na sankcję ze strony PIORiN-u z racji kontroli Integrowanej Ochrony Roślin oraz ARiMR z racji kontroli cross compliance.