Wapnowanie gleby zaraz po zastosowaniu nawozów naturalnych tj. obornika czy gnojowicy powoduje szybsze przemiany azotu, który ulatnia się do atmosfery w postaci amoniaku. Dodatkowo wprowadzenie wapna po zastosowaniu obornika przyspiesza rozkład (spalanie) materii organicznej, która została wprowadzona z obornikiem.

Należy pamiętać o rozłącznym przeprowadzeniu tych zabiegów. Aby zbędnie nie generować kosztów, które nie przekładają się na podniesienie właściwości gleby.

Zdarza się jednak, że oba nawozy stosuje w tym samym roku. Wówczas najpierw należy wykonać wapnowanie, a następnie odczekać minimalnie 4 tygodnie (zalecana jest 6 tygodni) i przystąpić do stosowania nawozów naturalnych.