Nawóz RSM w okresie zimowym pod wpływem działania niskich temperatur ulega krystalizacji. Proces uzależniony jest od zawartości azotu całkowitego w roztworze. Temperaturami granicznymi są:
0°C dla 32 proc. N;
-9°C dla 30 proc. N;
-17°C dla 28 proc. N.

Dlatego przez okres zimy lepiej przechowywać nawóz o niższym stężeniu. Jeśli dysponujemy RSM o wyższym stężeniu (32 lub 30 proc.) lepiej go rozcieńczyć zawsze dodając roztwór do wody (nie odwrotnie). Ilość wody niezbędną do rozcieńczenia RSM 32 i 30 proc. obliczamy:
Ilość wody = litry RSM 32 proc. x 0,189
Ilość wody = litry RSM 30 proc. x 0,091

Proces krystalizacji jest odwracalny. Przechodzenie z formy krystalicznej w ciekłą następuje w miarę wzrostu temperatur, ale jest to proces powolny. Skuteczne metody rekrystalizacji wiosną to mieszanie roztworu, podgrzanie zbiornika, wpuszczenie do zbiornika przez dolny zawór sprężonego powietrza.

Przed wiosennym użyciem kryształki muszą ulec rozpuszczeniu, ponieważ w części skrystalizowanej jest więcej azotu w stosunku do jego części płynnej (w płynnej jest o tyle mniej azotu, ile wykrystalizowało). RSM krystalizuje równomolowo, czyli w stosunku 1:1 (mocznik i azotan amonu). Skład chemiczny kryształu to RSM – woda, czyli mocznik i azotan amonu.

Uwzględniając, że 1 l RSM 32 proc. waży 1,32 kg, 1 l RSM 28 proc. waży 1,28 kg można samodzielnie sprawdzić, ile przechowywanego nawozu wykrystalizowało. W tym celu pobiera się 1 litr nawozu i waży. Jeżeli stwierdzi się obecność kryształów, waga 1 l roztworu to np. 1,27 kg oznacza to, że w roztworze jest 27 proc. N. Pozostała część N jest w krysztale.

W procesie krystalizacji na dnie zbiornika powstaje skorupa. Nie powoduje to zwiększania objętości przechowywanego nawozu i związanego z tym niebezpieczeństwa zniszczenia (rozsadzenia) wypełnionego zbiornika.

W okresie zimowym należy opróżnić pompy, rurociągi z pozostałości nawozu. Pozostawienie resztek w urządzeniach i ponowne włączenie ich do eksploatacji, może doprowadzić do ich uszkodzeń. Do ochrony zbiorników wykorzystuje się preparaty antykorozyjne, które producenci zalecają stosować co 2 lata.