Większość chorób grzybowych swój rozwój rozpoczyna w glebie i w dużej mierze zależy to od nas samych z jakim nasileniem występuje choroba. W uprawach często popełnianych jest wiele błędów, które skutkują masowym występowaniem chorób na wielu roślinach. Sprzyjająca aura jest tylko jednym z wtórnych czynników, które stwarzają dogodne warunki dla rozwoju grzyba.

Choroby grzybowe, a konkretnie ich formy przetrwalnikowe zimują pod powierzchnią gleby, na pożniwnych resztkach roślinnych oraz w materiale nasadzeniowym (cebule, nasiona, rozsada). Przetrwalniki mogą pozostać w uśpieniu nawet kilkanaście lat. W zależności od rodzaju grzyba, zarodniki mają zróżnicowaną żywotność. Zwykle trwa ona 3 lata (zgnilizna twardzikowa), ale również nawet 8 do 9 lat (kiła kapusty). W sprzyjających warunkach zarodniki grzyba kiełkują i rozpoczynają zasiedlanie roślin. W walce z chorobami grzybowymi istotne jest zapobieganie, a w następnej kolejności stosowanie zabiegów chemicznych.

Chorobotwórcze grzyby najczęściej występują na zimujących, nieprzyoranych resztkach porażonych roślin, które pozostawiono na polu. W ten sposób rozwijają się m.in. czarna oraz mokra zgnilizna krzyżowych oraz polifagiczne: szara pleśń, alternarioza, chwościk buraka, mączniak rzekomy, mączniak prawdziwy, askochytoza, fuzaryjna zgorzel, zgnilizna twardzikowa, rdza oraz plamistości liści.

Jedną z najważniejszych metod zapobiegania są zabiegi agrotechniczne, które sprawiają, że następuje zmiana warunków do bytowania chorobotwórczych agrofagów. Prawidłowa uprawa roli, wczesnowiosenna podorywka, jesienna głęboka orka poprawiają warunki powietrzno-wodne gleby oraz niszczą formy przetrwalnikowe grzyba, chwasty i samosiewy roślin uprawnych będące pośrednim żywicielem grzyba.

Prawie wszystkie wymienione choroby przenoszą się z resztkami roślin, dlatego resztki pożniwne zaleca się głęboko przyorać. Z głęboko znajdujących się w glebie części roślin patogen nie ma możliwości wykiełkowania, przedostania się na powierzchnię i tym samym ginie. W miarę możliwości, szczególnie na małych działkach czy ogrodach, chore rośliny należy usuwać, palić lub głęboko zakopywać. Pod żadnym pozorem nie należy ich kompostować, nawet jeśli dodawane są przyspieszacze mineralizacji resztek roślinnych.

Płodozmian jest kolejnym istotnym czynnikiem, który ogranicza występowanie w jednym miejscu patogenów, ale również szkodników (nicienie, pchełki, śmietki). Zaletą płodozmianu jest również to, że w glebie gromadzą się substancje (np. nawozy zielone), które odstraszają szkodniki bądź hamują rozwój patogenu. W zmianowaniu zaleca się 3-4-letnią przerwę w uprawie tego samego gatunku lub rośliny z tej samej rodziny (kapustne, cebulowe). Dość istotna jest lokalizacja uprawy. Plantacja nie powinna znajdować się w pobliżu innej, która potencjalnie może być źródłem zakażenia, np. plantacja bobiku sprzyja występowaniu chorób grzybowych strączkowych (askochytoza) czy plantacja ziemniaka - zarazie ziemniaka na pomidorze.

Nieodpowiednie warunki uprawy również wpływają na stopień porażenia chorobami oraz występowanie szkodników (wektorów chorób). Rośliny powinny być uprawiane na stanowiskach przewiewnych, które sprzyjają szybszemu obsychaniu roślin. W nasadzeniach powinniśmy zachować odpowiednią rozstawę, która poprawia cyrkulację powietrza, np. szerokie międzyrzędzia oddalone co 30-40 cm. Nie można dopuszczać do silnego zachwaszczenia plantacji. Chwasty powodują wzrost wilgotności wokół rośliny i często są pośrednimi żywicielami chorób (rdza, mączniak prawdziwy).

Najczęstszym popełnianym błędem jest nieprawidłowe nawożenie mineralne. Intensywne dokarmianie azotem powoduje przyrost masy zielonej rośliny. Mocno zielone liście, które posiadają miękką tkankę, są idealnym środowiskiem do wniknięcia strzępka grzyba. Dodatkowo duża ilość wytworzonej masy zielonej zwiększa wilgotność w jej wnętrzu, co również sprzyja rozwojowi choroby. Ważne jest, aby nawożenie było optymalne i nie jednostronne dla konkretnego składnika. Stosowanie podwyższonych stężeń nawozów potasowych i fosforowych wzmacnia rośliny i zwiększa ich odporność na fuzariozy, zgorzele, plamistości, askochytozę. Nawozy organiczne minimalizują rozwój chorób grzybowych. Zawarte w nich składniki są w odpowiednich proporcjach, łatwo przyswajalne, zawierają bogatą i pożyteczną mikroflorę, która niszczy patogeny.

Występowanie większości wymienionych chorób można ograniczyć stosując zdrowy i kwalifikowany materiał siewny i nasadzeniowy. Warto sprawdzać zdrowotność nasion, cebul oraz selekcjonować i usuwać te z objawami chorobowymi. Infekcje roślin w okresie kiełkowania i wschodów ograniczymy również poprzez kompleksowe zaprawianie nasion lub cebul mieszaniną preparatów grzybobójczych.

Wcześniejsze wysiewanie nasion pozwala przyspieszyć ich kiełkowanie i częściowo uniknąć strat plonu spowodowanego porażeniem przez grzyby, np. fasola i groch wysiane w odpowiednim terminie w znacznym stopniu unikną porażenia np. grzybem z rodzaju Botrytis. Zbyt głębokie i gęste sadzenie rozsady lub wysiewanie nasion, szczególnie w glebach wilgotnych, utrudnia kiełkowanie nasion lub zwiększa wilgotność w obrębie młodych części rośliny.

W walce chemicznej powinniśmy stosować przemiennie fungicydy zawierające różne substancje czynne. Dzięki temu choroby nie wytworzą ras odpornych na dany preparat. Istotny jest również termin zabiegu oraz stężenie cieczy roboczej. Oprysk chemiczny należy przeprowadzić zgodnie z oceną zagrożenia, które wynika z warunków zewnętrznych sprzyjających rozwojowi choroby.

Ostatnim czynnikiem, który ogranicza występowanie chorób jest wybór odpowiedniej odmiany rośliny uprawnej. Wybierajmy te, które odznaczają się wysoką tolerancją na choroby grzybowe oraz odpowiednim okresem wegetacyjnym względem panujących warunków.