Wśród ogromnej liczby nicieni są takie, które wyrządzają szkody na warzywach. Obniżają plon, przyczyniają się do tego, że korzenie źle się przechowują, a na marchwi i burakach występują liczne narośla. Nicienie zimują w glebie na porażonych resztkach roślin lub chwastach. Do najpospolitszych szkodliwych nicieni należą: niszczyk zjadliwy, mątwik burakowy i guzak północny.

Na cebuli żeruje niszczyk zjadliwy, który wykształcił wiele szczepów różniących się biologią rozwoju. Największe straty powoduje w ciepłe dni. Porażone młode siewki cebuli zamierają, a liście z jasnymi smugami są dodatkowo poskręcane i staśmione. Zgrubienia cebuli stają się gąbczaste i następuje gnicie piętki, przy której gromadzą się szkodniki. Niszczyk atakuje zarówno cebule uprawną jak również cebule roślin ozdobnych, buraka ćwikłowego, pora oraz floksy.

Mątwik burakowy atakuje korzenie buraków czerwonych, a także kapusty głowiastej i brukselki. Porażone rośliny więdną, liście odbarwiają się i następuje znaczny spadek plonu. Na zdrobniałych korzeniach (tzw. powstałej brodzie korzeniowej) widoczne są kulistego kształtu cysty (forma przetrwalnikowa), które bytują w glebie nawet 6 lat.

Guzak północny poraża marchew, skorzonerę, pietruszkę, pomidora, ziemniaka, buraki, kapustne, groch, sałatę, rośliny cebulowe. Na warzywach korzeniowych pojawiają się zgrubiałe narośla, tkanka korzeni pęka, a warzywa są zdeformowane i często ulegają gniciu.

Guzak może występować na winorośli, moreli, brzoskwinie, jaśminowcu czy lilaku. Wyrządza duże straty w uprawie szkółkarskiej, prowadząc do jej całkowitego zniszczenia. Nicienie te żerują na korzeniach, prowadząc do rozrostu tkanki i tym samym zaburzają przepływ wody i soli mineralnych. W konsekwencji roślina jest zniekształcona, więdnie i zamiera. Często na liściach widoczne są przebarwienia oraz występuje drobnienie kwiatów i owoców.

Powodem występowania szkodliwych nicieni i ich nadmierny rozwój w glebie jest spowodowany brakiem zmianowania. Przerwa w uprawie powinna zazwyczaj trwać 4-5 lat. Warto posadzić rośliny (aksamitka, nagietek, gorczyca), które wydzielają do gleby trujące dla nicieni substancje. Są też rośliny uprawne (cykoria, kukurydza, len, żyto, lucerna), które pobudzają nicienie do wyjścia z cyst, a następnie w wyniku niekorzystnych warunków do życia, szkodniki giną.

W uprawie należy usuwać porażone części roślin, które są miejscem zimowania kolejnych pokoleń. Zdeformowane rośliny, które wykazują obecność nicieni powinny być usunięte z uprawy. Nawożenie kompostem czy obornikiem powoduje dostarczenie do gleby gatunków nicieni drapieżnych. Należy również zachować zasadę higieny, czyli po wykonanej pracy oczyścić dokładnie wszelkie narzędzia ogrodnicze.