Trzeba się liczyć z tym, że gdy temperatura powietrza wzrośnie, czerń krzyżowych będzie szybko się rozwijać. Szczególnie dynamicznie postępuje, gdy przy jednoczesnym wystąpieniu opadów deszczu, temperatury utrzymują się w granicach 17-27°C przez co najmniej 18 godzin.

Zaobserwowanie na liściach plamek, które są jasnobrunatne do brunatno-czarnych otoczone chlorotyczną obwódką świadczy o porażeniu czernią krzyżowych. Plamki mogą być owalne lub wydłużone, czasem wklęsłe. W miarę postępu choroby, na niektórych plamkach obserwuje się grzybnię w postaci chlorotycznych ułożonych pierścieni.

Plamki mogą występować na różnych częściach rośliny. W momencie, gdy choroba uwidoczni się na łuszczynach będzie powodować największe straty. Łuszczyny szybko zasychają, wykształcone nasiona są drobne i osypują się na pole.

Chorobę najlepiej zwalczać, gdy rzepak jest w końcu fazy kwitnienia. Zastosowanie w tym momencie fungicydu w największym stopniu wpływa na ograniczenie występowania czerni krzyżowych na łuszczynach oraz zasiedlenie nasion przez grzyby rodzaju Alternaria, zwłaszcza przy silnej presji chorobowej.