Środki chemiczne trzeba jednak stosować z rozwagą, ponieważ używane przeważnie środki kontaktowe podlegają znaczniej wolniej procesom biodegradacji w magazynie niż na polu. Zastosowanie niewłaściwie lub w nadmiarze, na długi czas mogą pozostawać w ziarnie, powodując nawet jego skażenie. Chemiczne środki nie są obojętne dla zdrowia ludzi, zwierząt i środowiska naturalnego.

Aplikacja w pomieszczeniach niesie za sobą zwiększone ryzyko zatrucia. W pomieszczeniach, bowiem ograniczony jest swobodny przepływ powietrza i w trakcie zabiegu bardziej narażeni jesteśmy na oddziaływanie wyższych, szkodliwych stężeń środka w powietrzu, inaczej niż to jest w warunkach polowych, dlatego w magazynach konieczne jest stosowanie odpowiednich środków ochrony osobistej.

Do ochrony zmagazynowanego ziarna dostępnych jest tylko kilka środków które można stosować samemu, są one oparte na takich substancjach aktywnych jak: pirymifosie metylowym i deltametrynie. Jest ich mało, dlatego istnieje duże niebezpieczeństwo uodparniania się agrofagów na dane substancje czynne. Preparaty kontaktowe tzw. protektanty zaliczone są do grupy środków szkodliwych i można nimi wykonywać zabiegi samemu. Środki gazowe tzw. fumiganty, zaliczane są do grupy toksycznych, a nawet bardzo toksycznych. Zabiegi przy ich użyciu mogą wykonywać jedynie przeszkoleni pracownicy zakładów DDD (dezynfekcja, dezynsekcja, deratyzacja).