Przy niższych temperaturach może dochodzić do ich przemrożenia i w efekcie do zmian chemicznych, niekorzystnie wpływających na skuteczność preparatów. Przetrzymywanie preparatów w pomieszczeniach, w których narażone są działanie minusowych temperatur może powodować np. wytrącenie osadów, krystalizację substancji w nich zawartych.

Już teraz należy zabezpieczyć pestycydy w odpowiednim miejscu, w którym zimą nie wystąpią minusowe temperatury. Etykiety wskazują bowiem, że preparatów nie powinno przechowywać się w temperaturze poniżej 0°C. Takie zalecenia zwierają etykiety środków ochrony roślin, mają one w swojej treści informacje na temat warunków, w jakich należy przechowywać dany pestycyd.

Wybierając miejsce do przechowywania pamiętać trzeba, że pestycydy magazynuje się w szczelnie zamkniętych i oryginalnych opakowaniach, w określonym porządku, tj.: pogrupowane według przeznaczenia i toksyczności. Miejsce, w którym są składowane musi być oznakowane, zamykane na klucz, do którego dostęp mają osoby upoważnione. Pestycydów nie przechowuje się razem z żywnością i paszą dla zwierząt

Jeśli jednak w miejscu przechowywania preparat ulegnie przemrożeniu i są wątpliwości co do jego jakości to można go poddać ocenie organoleptycznej (nie jest to metoda w pełni wiarygodna). Nie należy jednak przemrożonym pestycydem wzruszać/potrząsać. Oceny dokonuje się w temperaturze dodatniej. Sprawdza czy nie ma zaszły wspomniane zmiany: wytrącenia osadów, krystalizacja.

Jakość preparatów sprawdzić można w Laboratorium Badania Jakości Środków Ochrony Roślin w oddziale Instytutu Ochrony Roślin PIB w Sośnicowicach. Na takie badanie decydują się zazwyczaj podmioty, które mają wątpliwości co do większej ilości preparatów, bowiem koszt badania to ok 200 zł.

Dla preparatów sypkich: proszków, granulatów z powodu ich higroskopijności istotna jest też wilgotność powietrza w pomieszczeniu przechowywania. Z uwagi na higroskopijność muszą być magazynowane bez dostępu pary wodnej. Wilgoć sprawi, że stracą swoje właściwości, jeśli opakowanie nie będzie szczelne.