Choroby podstawy źdźbła, pojawiają się rokrocznie na polu z większą lub mniejszą intensywnością w zależności od warunków uprawy, a także pogodowych. Chorobom sprzyja monokultura upraw roślin zbożowych.

Fuzaryjna zgorzel podstawy źdźbła i korzeni zbóż (sprawca: Fusarium spp.) atakuje najczęściej formy zbóż ozimych, rzadziej jare. Porażeniu przez sprawcę ulegają korzenie i podstawa źdźbła. Pierwsze objawy widoczne są w fazie strzelania w źdźbło, ale najwyraźniejsze są po wykłoszeniu. Pochwy liściowe zmieniają barwę z zielonej na brązową. Początkowo mogą to być brunatne lub brązowe smugi, kreski oraz plamy, które mają kształt nieregularny i są to typowe objawy choroby. Występuje też zbrązowienie całej podstawy źdźbła i korzeni. W wyniku infekcji porażone korzenie brązowieją i gniją. Końcowym etapem fuzaryjnej zgorzeli podstawy źdźbła i korzeni jest całkowite, przedwczesne zamieranie porażonych pędów i bielenie kłosów, a ziarno jest niedorodne. Większość dostępnych fungicydów zwalczających możliwa jest do stosowania do końca fazy kwitnienia czyli do BBCH 69 lub oscyluje w tych okolicach. Zatem jeśli wystąpią objawy choroby, należy zastosować preparat, przy czym trzeba zwrócić uwagę na temperaturę, w której aplikuje się środek. Jeśli stosowało się fungicyd jesienią, wymienia się substancję aktywną na inną oraz nie stosuje substancji należącej do tej samej grupy, która została podana wcześniej.

Zgorzel podstawy źdźbła (sprawca: Gaeumannomyces graminis). Sprawca choroby atakuje najpierw korzenie roślin, jednak przeważnie ta faza porażenia zostaje niezauważona, gdyż rośliny zdrowe przysłaniają uszkodzone i nie widać roślin niższych, słabiej rozwiniętych w łanie, chyba że uszkodzenia występują placowo. Żeby rozpoznać uszkodzenie trzeba wykopać roślinę i przyjrzeć się korzeniom. Podejrzewając chorobę na polu korzenie takiej rośliny, należy wypłukać w wodzie i poddać ocenie. Jeśli obserwuje się ciemne zabarwienie korzeni lub ich fragmentów wówczas w glebie są zarodniki Gaeumannomyces graminis, które porażają plantację. Silne porażenie korzeni pszenicy ozimej przez Gaeumannomyces graminis powoduje zamieranie roślin i ich wypadanie we wczesnych fazach rozwojowych. W późniejszych stadiach rozwojowych choroby atakowana jest podstawa źdźbła, przy wyjmowaniu rośliny z gleby korzenie łatwo się urywają. Rośliny porażone dojrzewają około dwa tygodnie wcześniej, kłosy z takich roślin są bardzo lekkie, ze słabo wykształconym ziarnem, przy czym kłosy nie są porażone. Chorobę zwalcza się poprzez zaprawianie ziarna i zmianowanie upraw.