Początkiem wegetacji wiąże się z zagrożeniem patogenami chorobotwórczymi. Roślinom zagraża sucha zgnilizna kapustnych, czerń krzyżowych i szara pleśń. Wcześnie wykonany zabieg fungicydem pozwala na wyeliminowanie choroby. Jeżeli przezimowane rośliny są stosunkowo zdrowe i nie wykazują wyraźnych objawów związanych z porażeniem chorobami to zabieg możemy przesunąć do fazy zwartego pąka, co teoretycznie zabezpieczy nam rośliny do zbioru ziarna. Dawka środka użyta w tym czasie jest zwykle nieco niższa niż przy zabiegu wykonanym w okresie kwitnienia i zawiązywania łuszczyn.

Jedną z ważniejszych chorób zwalczanych w pierwszym zabiegu jest sucha zgnilizna kapustnych powodowana przez Leptosphaeria biglobosa, L. maculans. Straty przez nią powodowane sięgać nawet 20-30% plonu nasion.

Przykładowe fungicydy zarejestrowane do zwalczania chorób grzybowych rzepaku ozimego wiosną: Caramba 60 SL, Caryx 240 SL, Domnic 250 EC, Helicur 250 EW, Horizon 250 EW, Kasir 250 EW, Mystic 250 EC, Orius Extra 250 EW, Riza 250 EW, Sparta 250 EW, Starpro 430 SC, Syrius 250 EW, Tebu 250 EW, Tilmor 240 EC, Toledo 250 EW, Toprex 375 SC

Niektóre z fungicydów np. z grup triazoli, prócz zwalczania chorób wpływają na skrócenie roślin rzepaku od kilku do kilkunastu cm zmniejszając ryzyko wylegania rzepaku.