Największe zagrożenie stwarzają: mączniak prawdziwy zbóż i traw, rynchosporioza zbóż, plamistość siatkowa, oraz rdza jęczmienia. Porażony przez choroby jęczmień jest dużo słabszy i mniej odporny na niekorzystne warunki przezimowania.

W momencie poprawy warunków pogodowych należy jak najszybciej wykonać zabieg ochrony roślin. Preparaty przeznaczone do zwalczania w/w chorób to związki z grupy triazoli, strobiluryn, karboksyamidów, imidazoli, oraz chinazolin. Przy wyborze środka powinniśmy zwrócić szczególną uwagę na temperaturę jego działania

Aby wspomóc regenerację roślin po zimie warto zastosować na plantacji jęczmienia nawozy wieloskładnikowe, zawierające w swoim składzie nie tylko azot ale również fosfor, potas, magnez i siarkę.