Jedne z pożytecznych bakterii to m.in. z rodzaju Azotobacter, które wiążą azot z powietrza. Bakterie cechuje duża wrażliwość na kwaśny odczyn środowiska glebowego i nie żyją one przy pH poniżej 6,0. W Polsce udział gleb o odczynie kwaśnym i bardzo kwaśnym czyli pH ≤ 5,5 wynosi ponad 50 proc i dlatego na połowie gleb nie stwierdza się obecności Azotobacter spp. Wyniki badań przeprowadzonych w Zakładzie Mikrobiologii Rolniczej IUNG-PIB wskazują, że na przestrzeni prawie stu lat intensyfikacja rolnictwa nie wpłynęła na zwartość bakterii Azotobacter w glebie, a badana gleba nie była wyjałowiona.

Oczywiście negatywne skutki chemizacji rolnictwa były i są, głównie w rejonach charakteryzujących się, np. dużą koncentracją produkcji zwierzęcej lub stosowaniem zbyt wysokich dawek nawozów mineralnych. Swego czasu związane to było z brakiem odpowiednich zaleceń i uregulowań prawnych wynikającym w dużej mierze także z niedostatków wiedzy. W tej chwili obowiązuje Kodeks Dobrej Praktyki Rolniczej, dyrektywa Komisji Europejskiej w wyniku czego wyeliminowano substancje przestarzałe i najbardziej toksyczne dla środowiska, choć wprowadziła niedogodności i ograniczenia dla producentów rolnych oraz dyrektywa 2009/128/WE dotycząca zrównoważonej produkcji rolniczej i integrowanej ochrony roślin.

Prawidłowe nawożenie, wapnowanie zapobiega degradacji gleb, a dobrze odżywione rośliny to więcej resztek roślinnych, które są podstawowym źródłem składników odżywczych dla wszystkich organizmów w glebach. Mikroorganizmy uwalniają z nich składniki mineralne, które są pobierane przez rośliny oraz tworzona jest cenna próchnica. Na poprawę wzrostu zawartości próchnicy w glebie wpływa nawożenie obornikiem, ale także odpowiedni dobór roślin w zmianowaniu i nawożenie mineralne.